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Structure paper

タイトルA supramolecular assembly mediates lentiviral DNA integration.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 355, Issue 6320, Page 93-95, Year 2017
掲載日2017年1月6日
著者Allison Ballandras-Colas / Daniel P Maskell / Erik Serrao / Julia Locke / Paolo Swuec / Stefán R Jónsson / Abhay Kotecha / Nicola J Cook / Valerie E Pye / Ian A Taylor / Valgerdur Andrésdóttir / Alan N Engelman / Alessandro Costa / Peter Cherepanov /
PubMed 要旨Retroviral integrase (IN) functions within the intasome nucleoprotein complex to catalyze insertion of viral DNA into cellular chromatin. Using cryo-electron microscopy, we now visualize the ...Retroviral integrase (IN) functions within the intasome nucleoprotein complex to catalyze insertion of viral DNA into cellular chromatin. Using cryo-electron microscopy, we now visualize the functional maedi-visna lentivirus intasome at 4.9 angstrom resolution. The intasome comprises a homo-hexadecamer of IN with a tetramer-of-tetramers architecture featuring eight structurally distinct types of IN protomers supporting two catalytically competent subunits. The conserved intasomal core, previously observed in simpler retroviral systems, is formed between two IN tetramers, with a pair of C-terminal domains from flanking tetramers completing the synaptic interface. Our results explain how HIV-1 IN, which self-associates into higher-order multimers, can form a functional intasome, reconcile the bulk of early HIV-1 IN biochemical and structural data, and provide a lentiviral platform for design of HIV-1 IN inhibitors.
リンクScience / PubMed:28059770 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.78 - 8.2 Å
構造データ

14860

7zpp

EMDB-14860: MVV cleaved synaptic complex (CSC) intasome at 4.5 A resolution (re-refined)
PDB-7zpp: Cryo-EM structure of the MVV CSC intasome at 4.5A resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

4139

5m0r

EMDB-4139, PDB-5m0r:
Cryo-EM reconstruction of the maedi-visna virus (MVV) strand transfer complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.2 Å

PDB-5llj:
Maedi-Visna virus (MVV) integrase C-terminal domain (residues 220-276)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.78 Å

PDB-5t3a:
Maedi-Visna virus (MVV) integrase CCD-CTD (residues 60-275)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.501 Å

化合物

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-ACT:
ACETATE ION / 酢酸イオン

ChemComp-MES:
2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / pH緩衝剤*YM

由来
  • visna/maedi virus ev1 kv1772 (ウイルス)
  • visna-maedi virus (ウイルス)
  • visna lentivirus (strain 1514) (ウイルス)
  • maedi visna virus (strain kv1772) (ウイルス)
  • synthetic construct (人工物)
  • visna/maedi virus (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / integrase / visna/maedi virus / c-terminal domain / HYDROLASE / retrovirus / lentivirus / DNA-binding / Zn-binding / RNAseH fold / Visna virus integrase / catalytic core domain / intasome / MVV / nucleoprotein complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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