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タイトルMapping Ligand Interactions of Bromodomains BRD4 and ATAD2 with FragLites and PepLites─Halogenated Probes of Druglike and Peptide-like Molecular Interactions.
ジャーナル・号・ページJ. Med. Chem., Vol. 65, Page 15416-15432, Year 2022
掲載日2021年9月15日 (構造データの登録日)
著者Davison, G. / Martin, M.P. / Turberville, S. / Dormen, S. / Heath, R. / Heptinstall, A.B. / Lawson, M. / Miller, D.C. / Ng, Y.M. / Sanderson, J.N. ...Davison, G. / Martin, M.P. / Turberville, S. / Dormen, S. / Heath, R. / Heptinstall, A.B. / Lawson, M. / Miller, D.C. / Ng, Y.M. / Sanderson, J.N. / Hope, I. / Wood, D.J. / Cano, C. / Endicott, J.A. / Hardcastle, I.R. / Noble, M.E.M. / Waring, M.J.
リンクJ. Med. Chem. / PubMed:36367089
手法X線回折
解像度0.988 - 2.52 Å
構造データ

PDB-7ppx:
ATAD2 in complex with FragLite3
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.35 Å

PDB-7qu7:
ATAD2 in complex with FragLite16
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.13 Å

PDB-7quk:
ATAD2 in complex with FragLite1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.47 Å

PDB-7qum:
ATAD2 in complex with FragLite2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-7qwo:
ATAD2 in complex with FragLite6
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-7qx1:
ATAD2 in complex with FragLite7
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.49 Å

PDB-7qxt:
ATAD2 in complex with FragLite10
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.51 Å

PDB-7qyk:
ATAD2 in complex with FragLite18
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.43 Å

PDB-7qyl:
ATAD2 in complex with FragLite23
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.44 Å

PDB-7qzm:
ATAD2 in complex with FragLite28
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.45 Å

PDB-7qzy:
ATAD2 in complex with FragLite29
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.93 Å

PDB-7qzz:
ATAD2 in complex with FragLite31
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.52 Å

PDB-7r00:
ATAD2 in complex with FragLite33
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.48 Å

PDB-7r05:
ATAD2 in complex with PepLite-Ile
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.53 Å

PDB-7r0y:
ATAD2 in complex with PepLite-Glu
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.43 Å

PDB-7z9h:
ATAD2 in complex with PepLite-Asp
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.34 Å

PDB-7z9i:
ATAD2 in complex with PepLite-Ala
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-7z9j:
ATAD2 in complex with PepLite-Gly
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-7z9n:
ATAD2 in complex with PepLite-Val
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.34 Å

PDB-7z9o:
ATAD2 in complex with PepLite-Tyr
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.47 Å

PDB-7z9s:
ATAD2 in complex with PepLite-Arg
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-7z9u:
ATAD2 in complex with Acetyl-Lys
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.76 Å

PDB-7z9w:
BRD4 in complex with FragLite1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 0.988 Å

PDB-7z9y:
BRD4 in complex with FragLite2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.04 Å

PDB-7za6:
BRD4 in complex with FragLite4
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.12 Å

PDB-7za7:
BRD4 in complex with FragLite5
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.06 Å

PDB-7za8:
BRD4 in complex with FragLite6
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.04 Å

PDB-7za9:
BRD4 in complex with FragLite7
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.05 Å

PDB-7zaa:
BRD4 in complex with FragLite11
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.15 Å

PDB-7zad:
BRD4 in complex with FragLite12
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.07 Å

PDB-7zae:
BRD4 in complex with FragLite15
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.1 Å

PDB-7zaj:
BRD4 in complex with FragLite16
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.0 Å

PDB-7zaq:
BRD4 in complex with FragLite19
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.11 Å

PDB-7zar:
BRD4 in complex with FragLite18
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.14 Å

PDB-7zat:
BRD4 in complex with FragLite20
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.15 Å

PDB-7ze6:
BRD4 in complex with FragLite10
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.04 Å

PDB-7ze7:
BRD4 in complex with FragLite21
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.23 Å

PDB-7zef:
BRD4 in complex with FragLite22
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.12 Å

PDB-7zen:
BRD4 in complex with FragLite23
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.14 Å

PDB-7zfn:
BRD4 in complex with FragLite24
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.12 Å

PDB-7zfo:
BRD4 in complex with FragLite28
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.09 Å

PDB-7zfs:
BRD4 in complex with FragLite32
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.25 Å

PDB-7zft:
BRD4 in complex with FragLite33
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.28 Å

PDB-7zfu:
BRD4 in complex with PepLite-Pro
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.29 Å

PDB-7zfv:
BRD4 in complex with PepLite-Ala
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.37 Å

PDB-7zfy:
BRD4 in complex with PepLite-Gly
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.15 Å

PDB-7zfz:
BRD4 in complex with PepLite-Val
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.08 Å

PDB-7zg1:
BRD4 in complex with PepLite-Tyr
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.16 Å

PDB-7zg2:
BRD4 in complex with Acetyl-Lys
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.18 Å

化合物

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-7ZX:
4-bromanyl-1,2-oxazole

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-HH8:
4-bromanyl-1,8-naphthyridine

ChemComp-BYZ:
4-bromo-1H-pyrazole / 4-ブロモ-1H-ピラゾ-ル

ChemComp-PYZ:
4-IODOPYRAZOLE / 4-ヨ-ド-1H-ピラゾ-ル

ChemComp-HGQ:
4-bromanyl-1~{H}-pyridin-2-one / 4-ブロモピリジン-2-オ-ル

ChemComp-HHQ:
4-iodanyl-3~{H}-pyridin-2-one

ChemComp-1P8:
6-bromo-1,3-dihydro-2H-indol-2-one / 6-ブロモインドリン-2-オン

ChemComp-IJF:
(4-bromanylpyridin-2-yl)methanol / 4-ブロモピリジン-2-メタノ-ル

ChemComp-UU1:
2-(4-bromo-1H-pyrazol-1-yl)ethan-1-ol

ChemComp-UUS:
4-bromo-1-(2-hydroxyethyl)pyridin-2(1H)-one

ChemComp-V3U:
4-bromanyl-1-(2-methoxyethyl)pyridin-2-one

ChemComp-HHT:
2-(4-bromanyl-2-methoxy-phenyl)ethanoic acid

ChemComp-HWC:
3-azanyl-5-bromanyl-1-methyl-pyridin-2-one

ChemComp-HQX:
(2~{S},3~{S})-2-acetamido-~{N}-(3-bromanylprop-2-ynyl)-3-methyl-pentanamide

ChemComp-HNU:
(2~{S})-2-acetamido-~{N}-prop-2-enyl-pentanediamide

ChemComp-IIV:
(2~{S})-2-acetamido-~{N}-(3-bromanylprop-2-ynyl)butanediamide

ChemComp-IJR:
(2~{S})-2-acetamido-~{N}-(3-bromanylprop-2-ynyl)propanamide

ChemComp-IIY:
(~{N}~{E})-2-acetamido-~{N}-prop-2-enylidene-ethanamide

ChemComp-IJ3:
(2~{S})-2-acetamido-~{N}-(3-bromanylpropyl)-3-methyl-butanamide

ChemComp-IK3:
(2~{S})-2-acetamido-3-(4-hydroxyphenyl)-~{N}-prop-2-enyl-propanamide

ChemComp-IJI:
(2~{S})-2-acetamido-5-carbamimidamido-~{N}-prop-2-enyl-pentanamide

ChemComp-ARG:
ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン

ChemComp-8WS:
(2S)-2,6-diacetamido-N-methyl-hexanamide

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-HEW:
4-bromanylpyridin-2-amine / 2-アミノ-4-ブロモピリジン

ChemComp-IIS:
4-iodanylpyridin-2-amine

ChemComp-IJX:
~{N}-(4-bromophenyl)ethanamide / N-(4-ブロモフェニル)アセトアミド

ChemComp-IJL:
4-iodanylbenzamide / 4-ヨ-ドベンズアミド

ChemComp-IJO:
4-bromanyl-2-methoxy-pyridine / 2-メトキシ-4-ブロモピリジン

ChemComp-3Z7:
4-bromo-2-methoxyphenol / 2-メトキシ-4-ブロモフェノ-ル

ChemComp-IJU:
4-bromanyl-2-(methoxymethyl)pyridine

ChemComp-UUJ:
5-bromo-2-hydroxybenzonitrile / 5-ブロモ-2-ヒドロキシベンゾニトリル

ChemComp-UUG:
(4-bromo-2-methoxyphenyl)methanol / 2-メトキシ-4-ブロモベンジルアルコ-ル

ChemComp-IT4:
4-bromanyl-2-oxidanyl-benzoic acid / 4-ブロモサリチル酸

ChemComp-IS0:
4-bromanyl-1,2-dimethoxy-benzene / 1,2-ジメトキシ-4-ブロモベンゼン

ChemComp-IS6:
(2R)-N-(3-bromanylprop-2-ynyl)-1-ethanoyl-pyrrolidine-2-carboxamide

ChemComp-ISK:
2-acetamido-N-(3-bromanylprop-2-ynyl)ethanamide

ChemComp-IT8:
(2R)-2-acetamido-N-(3-bromanylprop-2-ynyl)-3-methyl-butanamide

ChemComp-T9J:
Nalpha-acetyl-N-(3-bromoprop-2-yn-1-yl)-L-tyrosinamide

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription regulation / Activator / Hydrolase / Nucleotide-binding / Fragment binding / inhibitor / ATAD2 / FRAGMENT / BROMODOMAIN / FRAGLITE / BRD4 / FragLites / anomalous / Fragment screening

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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