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タイトルThe molybdenum storage protein forms and deposits distinct polynuclear tungsten oxygen aggregates.
ジャーナル・号・ページJ Inorg Biochem, Vol. 234, Page 111904, Year 2022
掲載日2022年6月16日
著者Iram Aziz / Susann Kaltwasser / Kanwal Kayastha / Radhika Khera / Janet Vonck / Ulrich Ermler /
PubMed 要旨Some N-fixing bacteria store Mo to maintain the formation of the vital FeMo-cofactor dependent nitrogenase under Mo depleting conditions. The Mo storage protein (MoSto), developed for this purpose, ...Some N-fixing bacteria store Mo to maintain the formation of the vital FeMo-cofactor dependent nitrogenase under Mo depleting conditions. The Mo storage protein (MoSto), developed for this purpose, has the unique capability to compactly deposit molybdate as polyoxometalate (POM) clusters in a (αβ) hexameric cage; the same occurs with the physicochemically related tungstate. To explore the structural diversity of W-based POM clusters, MoSto loaded under different conditions with tungstate and two site-specifically modified MoSto variants were structurally characterized by X-ray crystallography or single-particle cryo-EM. The MoSto cage contains five major locations for POM clusters occupied among others by heptanuclear, Keggin ion and even Dawson-like species also found in bulk solvent under defined conditions. We found both lacunary derivatives of these archetypical POM clusters with missing WO units at positions exposed to bulk solvent and expanded derivatives with additional WO units next to protecting polypeptide segments or other POM clusters. The cryo-EM map, unexpectedly, reveals a POM cluster in the cage center anchored to the wall by a WO linker. Interestingly, distinct POM cluster structures can originate from identical, highly occupied core fragments of three to seven WO units that partly correspond to those found in MoSto loaded with molybdate. These core fragments are firmly bound to the complementary protein template in contrast to the more variable, less occupied residual parts of the visible POM clusters. Due to their higher stability, W-based POM clusters are, on average, larger and more diverse than their Mo-based counterparts.
リンクJ Inorg Biochem / PubMed:35779405
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.4 - 2.58 Å
構造データ

14522

7z5j

EMDB-14522, PDB-7z5j:
The molybdenum storage protein loaded with tungstate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.58 Å

PDB-7zqq:
Molybdenum storage protein - LB131H
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-7zr4:
Molybdenum storage protein loaded with polyoxotungstates in the in vivo-like state
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.701 Å

PDB-7zse:
Molybdenum storage protein in complex with polyoxotungstates in the in-vitro state
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

化合物

ChemComp-MOO:
MOLYBDATE ION

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-IWL:
W11-O35 cluster

ChemComp-IV9:
1,1,3,3,5,7,7,9,11,15,15-undecakis($l^{1}-oxidanyl)-2$l^{4},4$l^{3},6$l^{5},8,10,12,14,16,17,18,19$l^{3},20,21,22,23-pentadecaoxa-1$l^{6},3$l^{6},5$l^{6},7$l^{6},9$l^{6},11$l^{6},13$l^{6},15$l^{6}-octatungstapentadecacyclo[7.7.1.1^{1,13}.1^{3,5}.1^{3,15}.1^{5,7}.1^{5,11}.1^{7,11}.0^{2,13}.0^{2,15}.0^{4,13}.0^{6,9}.0^{6,11}.0^{6,13}.0^{9,19}]tricosane

ChemComp-IWO:
W8-O26 cluster

ChemComp-IWZ:
W10-O37 cluster

ChemComp-IHW:
tungstate cluster

ChemComp-IX3:
W3-O10 cluster


化合物 画像なし

ChemComp-UNL:
Unknown ligand

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • azotobacter vinelandii dj (窒素固定)
  • azotobacter vinelandii (窒素固定)
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Metal storage protein / polytungstate / Keggin ion / EM / polyoxotungstate / metal storage / molybdenum storage / polyoxotungstates / Molybdenum storage protein / polyoxotungstate clusters

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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