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タイトルStructure of the membrane-bound formate hydrogenlyase complex from Escherichia coli.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 5395, Year 2022
掲載日2022年9月14日
著者Ralf Steinhilper / Gabriele Höff / Johann Heider / Bonnie J Murphy /
PubMed 要旨The prototypical hydrogen-producing enzyme, the membrane-bound formate hydrogenlyase (FHL) complex from Escherichia coli, links formate oxidation at a molybdopterin-containing formate dehydrogenase ...The prototypical hydrogen-producing enzyme, the membrane-bound formate hydrogenlyase (FHL) complex from Escherichia coli, links formate oxidation at a molybdopterin-containing formate dehydrogenase to proton reduction at a [NiFe] hydrogenase. It is of intense interest due to its ability to efficiently produce H during fermentation, its reversibility, allowing H-dependent CO reduction, and its evolutionary link to respiratory complex I. FHL has been studied for over a century, but its atomic structure remains unknown. Here we report cryo-EM structures of FHL in its aerobically and anaerobically isolated forms at resolutions reaching 2.6 Å. This includes well-resolved density for conserved loops linking the soluble and membrane arms believed to be essential in coupling enzymatic turnover to ion translocation across the membrane in the complex I superfamily. We evaluate possible structural determinants of the bias toward hydrogen production over its oxidation and describe an unpredicted metal-binding site near the interface of FdhF and HycF subunits that may play a role in redox-dependent regulation of FdhF interaction with the complex.
リンクNat Commun / PubMed:36104349 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.6 - 3.4 Å
構造データ

14429

7z0s

EMDB-14429, PDB-7z0s:
Structure of the Escherichia coli formate hydrogenlyase complex (anaerobic preparation, without formate dehydrogenase H)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

14430

7z0t

EMDB-14430, PDB-7z0t:
Structure of the Escherichia coli formate hydrogenlyase complex (aerobic preparation, composite structure)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-14431: Structure of the Escherichia coli formate hydrogenlyase complex (aerobic preparation, consensus refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-14432: Structure of the Escherichia coli formate hydrogenlyase complex (aerobic preparation, focused refinement FdhF)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-14433: Structure of the Escherichia coli formate hydrogenlyase complex (aerobic preparation, focused refinement peripheral arm)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-14434: Structure of the Escherichia coli formate hydrogenlyase complex (aerobic preparation, focused refinement membrane arm)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

化合物

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

ChemComp-NI:
NICKEL (II) ION

ChemComp-FCO:
CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON

ChemComp-DR9:
1-CIS-9-OCTADECANOYL-2-CIS-9-HEXADECANOYL PHOSPHATIDYL GLYCEROL

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

ChemComp-FE:
Unknown entry

ChemComp-LMN:
Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / 可溶化剤*YM

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-MGD:
2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE

ChemComp-6MO:
Unknown entry

由来
  • Escherichia coli (大腸菌)
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / FHL / group-4 membrane bound hydrogenase / [NiFe] hydrogenase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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