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タイトルStructural and functional basis of mammalian microRNA biogenesis by Dicer.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 82, Issue 21, Page 4064-4079.e13, Year 2022
掲載日2022年11月3日
著者David Zapletal / Eliska Taborska / Josef Pasulka / Radek Malik / Karel Kubicek / Martina Zanova / Christian Much / Marek Sebesta / Valeria Buccheri / Filip Horvat / Irena Jenickova / Michaela Prochazkova / Jan Prochazka / Matyas Pinkas / Jiri Novacek / Diego F Joseph / Radislav Sedlacek / Carrie Bernecky / Dónal O'Carroll / Richard Stefl / Petr Svoboda /
PubMed 要旨MicroRNA (miRNA) and RNA interference (RNAi) pathways rely on small RNAs produced by Dicer endonucleases. Mammalian Dicer primarily supports the essential gene-regulating miRNA pathway, but how it is ...MicroRNA (miRNA) and RNA interference (RNAi) pathways rely on small RNAs produced by Dicer endonucleases. Mammalian Dicer primarily supports the essential gene-regulating miRNA pathway, but how it is specifically adapted to miRNA biogenesis is unknown. We show that the adaptation entails a unique structural role of Dicer's DExD/H helicase domain. Although mice tolerate loss of its putative ATPase function, the complete absence of the domain is lethal because it assures high-fidelity miRNA biogenesis. Structures of murine Dicer•-miRNA precursor complexes revealed that the DExD/H domain has a helicase-unrelated structural function. It locks Dicer in a closed state, which facilitates miRNA precursor selection. Transition to a cleavage-competent open state is stimulated by Dicer-binding protein TARBP2. Absence of the DExD/H domain or its mutations unlocks the closed state, reduces substrate selectivity, and activates RNAi. Thus, the DExD/H domain structurally contributes to mammalian miRNA biogenesis and underlies mechanistical partitioning of miRNA and RNAi pathways.
リンクMol Cell / PubMed:36332606 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.81 - 6.21 Å
構造データ

14383

7yym

EMDB-14383, PDB-7yym:
Mammalian Dicer in the "pre-dicing state" with pre-miR-15a substrate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.19 Å

14384

7yyn

EMDB-14384, PDB-7yyn:
Mammalian Dicer in the dicing state with pre-miR-15a substrate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.21 Å

14387

7yz4

EMDB-14387, PDB-7yz4:
Mouse endoribonuclease Dicer (composite structure)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.84 Å

14854

7zpi

EMDB-14854, PDB-7zpi:
Mammalian Dicer in the "dicing state" with pre-miR-15a substrate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.91 Å

14855

7zpj

EMDB-14855, PDB-7zpj:
Mammalian Dicer in the "pre-dicing state" with pre-miR-15a substrate and TARBP2 subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.81 Å

14856

7zpk

EMDB-14856, PDB-7zpk:
Mammalian Dicer in the "pre-dicing state" with pre-miR-15a substrate and TARBP2 subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.81 Å

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードRNA BINDING PROTEIN / endoribonuclease / dsRNA / complex / gene silencing / post-transcriptional / catalytic complex / cytoplasm / catalytic enzyme / RISC-loading complex / TARBP2 RNA BINDING PROTEIN

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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