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Structure paper

タイトルStructures of human SGLT in the occluded state reveal conformational changes during sugar transport.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 2920, Year 2023
掲載日2023年5月22日
著者Wenhao Cui / Yange Niu / Zejian Sun / Rui Liu / Lei Chen /
PubMed 要旨Sodium-Glucose Cotransporters (SGLT) mediate the uphill uptake of extracellular sugars and play fundamental roles in sugar metabolism. Although their structures in inward-open and outward-open ...Sodium-Glucose Cotransporters (SGLT) mediate the uphill uptake of extracellular sugars and play fundamental roles in sugar metabolism. Although their structures in inward-open and outward-open conformations are emerging from structural studies, the trajectory of how SGLTs transit from the outward-facing to the inward-facing conformation remains unknown. Here, we present the cryo-EM structures of human SGLT1 and SGLT2 in the substrate-bound state. Both structures show an occluded conformation, with not only the extracellular gate but also the intracellular gate tightly sealed. The sugar substrate are caged inside a cavity surrounded by TM1, TM2, TM3, TM6, TM7, and TM10. Further structural analysis reveals the conformational changes associated with the binding and release of substrates. These structures fill a gap in our understanding of the structural mechanisms of SGLT transporters.
リンクNat Commun / PubMed:37217492 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.26 - 3.48 Å
構造データ

33962

7yni

EMDB-33962, PDB-7yni:
Structure of human SGLT1-MAP17 complex bound with substrate 4D4FDG in the occluded conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.26 Å

33963

7ynj

EMDB-33963, PDB-7ynj:
Structure of human SGLT2-MAP17 complex bound with substrate AMG in the occluded conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.33 Å

33964

7ynk

EMDB-33964, PDB-7ynk:
Structure of human SGLT2-MAP17 complex in the apo state in the inward-facing conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.48 Å

化合物

ChemComp-KQC:
(2R,3R,4R,5S,6R)-5-fluoranyl-6-(hydroxymethyl)oxane-2,3,4-triol / 4-フルオロ-4-デオキシ-β-D-グルコピラノ-ス

ChemComp-GYP:
methyl alpha-D-glucopyranoside / メチルα-D-グルコピラノシド

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードPROTEIN TRANSPORT / glucose transporter / SGLT / sodium glucose transporter / membrane protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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