[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルPseudomonas aeruginosa SutA wedges RNAP lobe domain open to facilitate promoter DNA unwinding.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 4204, Year 2022
掲載日2022年7月20日
著者Dingwei He / Linlin You / Xiaoxian Wu / Jing Shi / Aijia Wen / Zhi Yan / Wenhui Mu / Chengli Fang / Yu Feng / Yu Zhang /
PubMed 要旨Pseudomonas aeruginosa (Pae) SutA adapts bacteria to hypoxia and nutrition-limited environment during chronic infection by increasing transcription activity of an RNA polymerase (RNAP) holoenzyme ...Pseudomonas aeruginosa (Pae) SutA adapts bacteria to hypoxia and nutrition-limited environment during chronic infection by increasing transcription activity of an RNA polymerase (RNAP) holoenzyme comprising the stress-responsive σ factor σ (RNAP-σ). SutA shows no homology to previously characterized RNAP-binding proteins. The structure and mode of action of SutA remain unclear. Here we determined cryo-EM structures of Pae RNAP-σ holoenzyme, Pae RNAP-σ holoenzyme complexed with SutA, and Pae RNAP-σ transcription initiation complex comprising SutA. The structures show SutA pinches RNAP-β protrusion and facilitates promoter unwinding by wedging RNAP-β lobe open. Our results demonstrate that SutA clears an energetic barrier to facilitate promoter unwinding of RNAP-σ holoenzyme.
リンクNat Commun / PubMed:35859063 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.13 - 5.8 Å
構造データ

31403

7f0r

EMDB-31403, PDB-7f0r:
Cryo-EM structure of Pseudomonas aeruginosa SutA transcription activation complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.8 Å

31948

7vf9

EMDB-31948, PDB-7vf9:
Cryo-EM structure of Pseudomonas aeruginosa RNAP sigmaS holoenzyme complexes
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.04 Å

33271

7xl3

EMDB-33271, PDB-7xl3:
Cryo-EM structure of Pseudomonas aeruginosa RNAP sigmaS holoenzyme complexes with transcription factor SutA (open lobe)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.13 Å

33272

7xl4

EMDB-33272, PDB-7xl4:
Cryo-EM structure of Pseudomonas aeruginosa RNAP sigmaS holoenzyme complexes with transcription factor SutA (closed lobe)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.86 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • pseudomonas aeruginosa pao1 (緑膿菌)
  • pseudomonas aeruginosa (strain atcc 15692 / dsm 22644 / cip 104116 / jcm 14847 / lmg 12228 / 1c / prs 101 / pao1) (緑膿菌)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / transcription initiation / Pseudomonas aeruginosa / SutA / transcription activation / sigmaS / RNA polymerase / RNAP beta lobe / TRANSLATION / TRANSCRIPTION-DNA complex / TRANSCRIPTION / closed beta lobe / holoenzyme / open beta lobe

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る