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タイトルStructural insights into branch site proofreading by human spliceosome.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 31, Issue 5, Page 835-845, Year 2024
掲載日2024年1月9日
著者Xiaofeng Zhang / Xiechao Zhan / Tong Bian / Fenghua Yang / Pan Li / Yichen Lu / Zhihan Xing / Rongyan Fan / Qiangfeng Cliff Zhang / Yigong Shi /
PubMed 要旨Selection of the pre-mRNA branch site (BS) by the U2 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) is crucial to prespliceosome (A complex) assembly. The RNA helicase PRP5 proofreads BS selection but the ...Selection of the pre-mRNA branch site (BS) by the U2 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) is crucial to prespliceosome (A complex) assembly. The RNA helicase PRP5 proofreads BS selection but the underlying mechanism remains unclear. Here we report the atomic structures of two sequential complexes leading to prespliceosome assembly: human 17S U2 snRNP and a cross-exon pre-A complex. PRP5 is anchored on 17S U2 snRNP mainly through occupation of the RNA path of SF3B1 by an acidic loop of PRP5; the helicase domain of PRP5 associates with U2 snRNA; the BS-interacting stem-loop (BSL) of U2 snRNA is shielded by TAT-SF1, unable to engage the BS. In the pre-A complex, an initial U2-BS duplex is formed; the translocated helicase domain of PRP5 stays with U2 snRNA and the acidic loop still occupies the RNA path. The pre-A conformation is specifically stabilized by the splicing factors SF1, DNAJC8 and SF3A2. Cancer-derived mutations in SF3B1 damage its association with PRP5, compromising BS proofreading. Together, these findings reveal key insights into prespliceosome assembly and BS selection or proofreading by PRP5.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:38196034
手法EM (単粒子)
解像度2.5 - 3.0 Å
構造データ

31334

7evo

EMDB-31334: The cryo-EM map of the human 17S U2 snRNP core region
PDB-7evo: The cryo-EM structure of the human 17S U2 snRNP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

32074

7vpx

EMDB-32074, PDB-7vpx:
The cryo-EM structure of the human pre-A complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

化合物

ChemComp-9B0:
[(2~{S},3~{S},4~{E},6~{S},7~{R},10~{R})-3,7-dimethyl-2-[(2~{E},4~{E},6~{R})-6-methyl-6-oxidanyl-7-[(2~{R},3~{R})-3-[(2~{R},3~{S})-3-oxidanylpentan-2-yl]oxiran-2-yl]hepta-2,4-dien-2-yl]-7,10-bis(oxidanyl)-12-oxidanylidene-1-oxacyclododec-4-en-6-yl] 4-cycloheptylpiperazine-1-carboxylate

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-SJT:
spliceostatin A (form II)

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • unidentified adenovirus (ウイルス)
キーワードSPLICING / U2 snRNP / PRP5 / SF3B1 / human spliceosome / pre-A complex / A complex / U1 snRNP

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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