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タイトルStreptothricin F is a bactericidal antibiotic effective against highly drug-resistant gram-negative bacteria that interacts with the 30S subunit of the 70S ribosome.
ジャーナル・号・ページPLoS Biol, Vol. 21, Issue 5, Page e3002091, Year 2023
掲載日2023年5月16日
著者Christopher E Morgan / Yoon-Suk Kang / Alex B Green / Kenneth P Smith / Matthew G Dowgiallo / Brandon C Miller / Lucius Chiaraviglio / Katherine A Truelson / Katelyn E Zulauf / Shade Rodriguez / Anthony D Kang / Roman Manetsch / Edward W Yu / James E Kirby /
PubMed 要旨The streptothricin natural product mixture (also known as nourseothricin) was discovered in the early 1940s, generating intense initial interest because of excellent gram-negative activity. Here, we ...The streptothricin natural product mixture (also known as nourseothricin) was discovered in the early 1940s, generating intense initial interest because of excellent gram-negative activity. Here, we establish the activity spectrum of nourseothricin and its main components, streptothricin F (S-F, 1 lysine) and streptothricin D (S-D, 3 lysines), purified to homogeneity, against highly drug-resistant, carbapenem-resistant Enterobacterales (CRE) and Acinetobacter baumannii. For CRE, the MIC50 and MIC90 for S-F and S-D were 2 and 4 μM, and 0.25 and 0.5 μM, respectively. S-F and nourseothricin showed rapid, bactericidal activity. S-F and S-D both showed approximately 40-fold greater selectivity for prokaryotic than eukaryotic ribosomes in in vitro translation assays. In vivo, delayed renal toxicity occurred at >10-fold higher doses of S-F compared with S-D. Substantial treatment effect of S-F in the murine thigh model was observed against the otherwise pandrug-resistant, NDM-1-expressing Klebsiella pneumoniae Nevada strain with minimal or no toxicity. Cryo-EM characterization of S-F bound to the A. baumannii 70S ribosome defines extensive hydrogen bonding of the S-F steptolidine moiety, as a guanine mimetic, to the 16S rRNA C1054 nucleobase (Escherichia coli numbering) in helix 34, and the carbamoylated gulosamine moiety of S-F with A1196, explaining the high-level resistance conferred by corresponding mutations at the residues identified in single rrn operon E. coli. Structural analysis suggests that S-F probes the A-decoding site, which potentially may account for its miscoding activity. Based on unique and promising activity, we suggest that the streptothricin scaffold deserves further preclinical exploration as a potential therapeutic for drug-resistant, gram-negative pathogens.
リンクPLoS Biol / PubMed:37192172 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.21 - 2.5 Å
構造データ

26817

7uvv

EMDB-26817, PDB-7uvv:
A. baumannii ribosome-Streptothricin-F complex: 70S with P-site tRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

26818

7uvw

EMDB-26818, PDB-7uvw:
A. baumannii ribosome: 70S with E-site tRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.37 Å

26819

7uvx

EMDB-26819, PDB-7uvx:
A. baumannii 70S ribosome-Streptothricin-F complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.35 Å

26820

7uvy

EMDB-26820, PDB-7uvy:
A. baumannii ribosome-Streptothricin-D complex: 70S with P-site tRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.39 Å

26821

7uvz

EMDB-26821, PDB-7uvz:
A. baumannii ribosome-Streptothricin-D complex: 70S with E-site tRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.21 Å

26822

7uw1

EMDB-26822, PDB-7uw1:
A. baumannii 70S ribosome-Streptothricin-D complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.21 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-OI9:
Streptothricin F / ストレプトトリシンF

ChemComp-OIY:
Streptothricin D

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • acinetobacter baumannii ab0057 (バクテリア)
キーワードRibosome/RNA / Streptothricin / Nourseothricin / Antibiotic / Ribosome / Ribosome-RNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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