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タイトルStructural analyses of human ryanodine receptor type 2 channels reveal the mechanisms for sudden cardiac death and treatment.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 8, Issue 29, Page eabo1272, Year 2022
掲載日2022年7月22日
著者Marco C Miotto / Gunnar Weninger / Haikel Dridi / Qi Yuan / Yang Liu / Anetta Wronska / Zephan Melville / Leah Sittenfeld / Steven Reiken / Andrew R Marks /
PubMed 要旨Ryanodine receptor type 2 (RyR2) mutations have been linked to an inherited form of exercise-induced sudden cardiac death called catecholaminergic polymorphic ventricular tachycardia (CPVT). CPVT ...Ryanodine receptor type 2 (RyR2) mutations have been linked to an inherited form of exercise-induced sudden cardiac death called catecholaminergic polymorphic ventricular tachycardia (CPVT). CPVT results from stress-induced sarcoplasmic reticular Ca leak via the mutant RyR2 channels during diastole. We present atomic models of human wild-type (WT) RyR2 and the CPVT mutant RyR2-R2474S determined by cryo-electron microscopy with overall resolutions in the range of 2.6 to 3.6 Å, and reaching local resolutions of 2.25 Å, unprecedented for RyR2 channels. Under nonactivating conditions, the RyR2-R2474S channel is in a "primed" state between the closed and open states of WT RyR2, rendering it more sensitive to activation that results in stress-induced Ca leak. The Rycal drug ARM210 binds to RyR2-R2474S, reverting the primed state toward the closed state. Together, these studies provide a mechanism for CPVT and for the therapeutic actions of ARM210.
リンクSci Adv / PubMed:35857850 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.58 - 3.69 Å
構造データ

EMDB-26139: Structure of human RyR2 in the closed state.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.53 Å

26405

7u9q

EMDB-26405, PDB-7u9q:
Structure of PKA phosphorylated human RyR2 in the closed state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.11 Å

26407

7u9r

EMDB-26407, PDB-7u9r:
Structure of PKA phosphorylated human RyR2 in the open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.69 Å

26408

7u9t

EMDB-26408, PDB-7u9t:
Structure of PKA phosphorylated human RyR2 in the closed state in the presence of Calmodulin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.68 Å

26409

7u9x

EMDB-26409, PDB-7u9x:
Structure of PKA phosphorylated human RyR2-R2474S in the closed state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.58 Å

26410

7u9z

EMDB-26410, PDB-7u9z:
Structure of PKA phosphorylated human RyR2-R2474S in the open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.29 Å

26412

7ua1

EMDB-26412, PDB-7ua1:
Structure of PKA phosphorylated human RyR2-R2474S in the closed state in the presence of ARM210
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.99 Å

26413

7ua3

EMDB-26413, PDB-7ua3:
Structure of PKA phosphorylated human RyR2-R2474S in the closed state in the presence of Calmodulin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

26414

7ua4

EMDB-26414, PDB-7ua4:
Structure of PKA phosphorylated human RyR2-R2474S in the open state in the presence of Calmodulin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.93 Å

26415

7ua5

EMDB-26415, PDB-7ua5:
Structure of dephosphorylated human RyR2 in the closed state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.83 Å

26416

7ua9

EMDB-26416, PDB-7ua9:
Structure of dephosphorylated human RyR2 in the open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.59 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-XAN:
XANTHINE / キサンチン / キサンチン

ChemComp-KVR:
4-[(7-methoxy-2,3-dihydro-1,4-benzothiazepin-4(5H)-yl)methyl]benzoic acid

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / calcium channel (カルシウムチャネル) / Ryanodine receptor 2

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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