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タイトルStructural basis of template strand deoxyuridine promoter recognition by a viral RNA polymerase.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 3526, Year 2022
掲載日2022年6月20日
著者Alec Fraser / Maria L Sokolova / Arina V Drobysheva / Julia V Gordeeva / Sergei Borukhov / John Jumper / Konstantin V Severinov / Petr G Leiman /
PubMed 要旨Recognition of promoters in bacterial RNA polymerases (RNAPs) is controlled by sigma subunits. The key sequence motif recognized by the sigma, the -10 promoter element, is located in the non-template ...Recognition of promoters in bacterial RNA polymerases (RNAPs) is controlled by sigma subunits. The key sequence motif recognized by the sigma, the -10 promoter element, is located in the non-template strand of the double-stranded DNA molecule ~10 nucleotides upstream of the transcription start site. Here, we explain the mechanism by which the phage AR9 non-virion RNAP (nvRNAP), a bacterial RNAP homolog, recognizes the -10 element of its deoxyuridine-containing promoter in the template strand. The AR9 sigma-like subunit, the nvRNAP enzyme core, and the template strand together form two nucleotide base-accepting pockets whose shapes dictate the requirement for the conserved deoxyuridines. A single amino acid substitution in the AR9 sigma-like subunit allows one of these pockets to accept a thymine thus expanding the promoter consensus. Our work demonstrates the extent to which viruses can evolve host-derived multisubunit enzymes to make transcription of their own genes independent of the host.
リンクNat Commun / PubMed:35725571 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度3.3 - 4.2 Å
構造データ

EMDB-24763: Cryo-EM map of the phage AR9 non-virion RNA polymerase holoenzyme in complex with DNA containing the AR9 P077 promoter
PDB-7um0: Structure of the phage AR9 non-virion RNA polymerase holoenzyme in complex with two DNA oligonucleotides containing the AR9 P077 promoter as determined by cryo-EM
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-24765: Cryo-EM map of the phage AR9 non-virion RNA polymerase holoenzyme
PDB-7um1: Structure of bacteriophage AR9 non-virion RNAP polymerase holoenzyme determined by cryo-EM
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

PDB-7s00:
X-ray structure of the phage AR9 non-virion RNA polymerase core
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.3 Å

PDB-7s01:
X-ray structure of the phage AR9 non-virion RNA polymerase holoenzyme in complex with a forked oligonucleotide containing the P077 promoter
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.4 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • bacillus phage ar9 (ファージ)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / DNA-dependent multisubunit RNA polymerase / deoxyuridine (デオキシウリジン) / template strand promoter / RNAP (RNAポリメラーゼ) / TRANSCRIPTION/DNA / sigma factor (シグマ因子) / TRANSCRIPTION-DNA complex / template-strand promoter / sigma-like factor / gp226

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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