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タイトルAge-dependent formation of TMEM106B amyloid filaments in human brains.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 605, Issue 7909, Page 310-314, Year 2022
掲載日2022年3月28日
著者Manuel Schweighauser / Diana Arseni / Mehtap Bacioglu / Melissa Huang / Sofia Lövestam / Yang Shi / Yang Yang / Wenjuan Zhang / Abhay Kotecha / Holly J Garringer / Ruben Vidal / Grace I Hallinan / Kathy L Newell / Airi Tarutani / Shigeo Murayama / Masayuki Miyazaki / Yuko Saito / Mari Yoshida / Kazuko Hasegawa / Tammaryn Lashley / Tamas Revesz / Gabor G Kovacs / John van Swieten / Masaki Takao / Masato Hasegawa / Bernardino Ghetti / Maria Grazia Spillantini / Benjamin Ryskeldi-Falcon / Alexey G Murzin / Michel Goedert / Sjors H W Scheres /
PubMed 要旨Many age-dependent neurodegenerative diseases, such as Alzheimer's and Parkinson's, are characterized by abundant inclusions of amyloid filaments. Filamentous inclusions of the proteins tau, amyloid- ...Many age-dependent neurodegenerative diseases, such as Alzheimer's and Parkinson's, are characterized by abundant inclusions of amyloid filaments. Filamentous inclusions of the proteins tau, amyloid-β, α-synuclein and transactive response DNA-binding protein (TARDBP; also known as TDP-43) are the most common. Here we used structure determination by cryogenic electron microscopy to show that residues 120-254 of the lysosomal type II transmembrane protein 106B (TMEM106B) also form amyloid filaments in human brains. We determined the structures of TMEM106B filaments from a number of brain regions of 22 individuals with abundant amyloid deposits, including those resulting from sporadic and inherited tauopathies, amyloid-β amyloidoses, synucleinopathies and TDP-43 proteinopathies, as well as from the frontal cortex of 3 individuals with normal neurology and no or only a few amyloid deposits. We observed three TMEM106B folds, with no clear relationships between folds and diseases. TMEM106B filaments correlated with the presence of a 29-kDa sarkosyl-insoluble fragment and globular cytoplasmic inclusions, as detected by an antibody specific to the carboxy-terminal region of TMEM106B. The identification of TMEM106B filaments in the brains of older, but not younger, individuals with normal neurology indicates that they form in an age-dependent manner.
リンクNature / PubMed:35344985 / PubMed Central
手法EM (らせん対称)
解像度2.64 - 3.64 Å
構造データ

14174

7qvc

EMDB-14174, PDB-7qvc:
TMEM106B filaments with Fold I from Alzheimer's disease (case 1)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.64 Å

14176

7qvf

EMDB-14176, PDB-7qvf:
TMEM106B filaments with Fold I-d from Multiple system atrophy (case 18)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.64 Å

14187

7qwg

EMDB-14187, PDB-7qwg:
TMEM106B filaments with Fold IIa from Multiple system atrophy (case 19)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.38 Å

14188

7qwl

EMDB-14188, PDB-7qwl:
TMEM106B filaments with Fold IIb from Multiple system atrophy (case 19)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.47 Å

14189

7qwm

EMDB-14189, PDB-7qwm:
TMEM106B filaments with Fold III from Multiple system atrophy (case 17)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.76 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • human (ヒト)
キーワードPROTEIN FIBRIL / Amyloid / neurodegeneration / filament / TMEM106B

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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