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タイトルHistone H1 binding to nucleosome arrays depends on linker DNA length and trajectory.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 29, Issue 5, Page 493-501, Year 2022
掲載日2022年5月17日
著者Marco Dombrowski / Maik Engeholm / Christian Dienemann / Svetlana Dodonova / Patrick Cramer /
PubMed 要旨Throughout the genome, nucleosomes often form regular arrays that differ in nucleosome repeat length (NRL), occupancy of linker histone H1 and transcriptional activity. Here, we report cryo-EM ...Throughout the genome, nucleosomes often form regular arrays that differ in nucleosome repeat length (NRL), occupancy of linker histone H1 and transcriptional activity. Here, we report cryo-EM structures of human H1-containing tetranucleosome arrays with four physiologically relevant NRLs. The structures show a zig-zag arrangement of nucleosomes, with nucleosomes 1 and 3 forming a stack. H1 binding to stacked nucleosomes depends on the NRL, whereas H1 always binds to the non-stacked nucleosomes 2 and 4. Short NRLs lead to altered trajectories of linker DNA, and these altered trajectories sterically impair H1 binding to the stacked nucleosomes in our structures. As the NRL increases, linker DNA trajectories relax, enabling H1 contacts and binding. Our results provide an explanation for why arrays with short NRLs are depleted of H1 and suited for transcription, whereas arrays with long NRLs show full H1 occupancy and can form transcriptionally silent heterochromatin regions.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:35581345 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.8 - 11.0 Å
構造データ

EMDB-13356, PDB-7pet:
The 4x177 nucleosome array containing H1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.5 Å

EMDB-13357, PDB-7peu:
Trinucleosome of the 4x177 nucleosome array containing H1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.2 Å

EMDB-13358, PDB-7pev:
Nucleosome stack of the 4x177 nucleosome array containing H1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.0 Å

EMDB-13359, PDB-7pew:
Nucleosome 1 of the 4x177 nucleosome array containing H1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-13360, PDB-7pex:
Nucleosome 2 of the 4x177 nucleosome array containing H1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.1 Å

EMDB-13361, PDB-7pey:
Nucleosome 3 of the 4x177 nucleosome array containing H1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-13362, PDB-7pez:
Nucleosome 4 of the 4x177 nucleosome array containing H1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.9 Å

EMDB-13363, PDB-7pf0:
Trinucleosome of the 4x177 nucleosome array containing H1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 11.0 Å

EMDB-13365, PDB-7pf2:
Nucleosome stack of the 4x187 nucleosome array containing H1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.1 Å

EMDB-13366, PDB-7pf3:
Nucleosome 4 of the 4x187 nucleosome array containing H1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-13367, PDB-7pf4:
Nucleosome 3 of the 4x187 nucleosome array containing H1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-13368, PDB-7pf5:
Nucleosome 2 of the 4x187 nucleosome array containing H1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-13369, PDB-7pf6:
Nucleosome 1 of the 4x187 nucleosome array containing H1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-13370, PDB-7pfa:
Trinucleosome of the 4x197 nucleosome array containing H1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.7 Å

EMDB-13371, PDB-7pfc:
Nucleosome stack of the 4x197 nucleosome array containing H1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.4 Å

EMDB-13372, PDB-7pfd:
Nucleosome 1 of the 4x197 nucleosome array containing H1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-13373, PDB-7pfe:
Nucleosome 2 of the 4x197 nucleosome array containing H1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-13374, PDB-7pff:
Nucleosome 3 of the 4x197 nucleosome array containing H1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-13379, PDB-7pft:
Trinucleosome of the 4x207 nucleosome array containing H1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.8 Å

EMDB-13380, PDB-7pfu:
Nucleosome stack of the 4x207 nucleosome array containing H1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.0 Å

EMDB-13381, PDB-7pfv:
Nucleosome 1 of the 4x207 nucleosome array containing H1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-13382, PDB-7pfw:
Nucleosome 2 of the 4x207 nucleosome array containing H1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.2 Å

EMDB-13383, PDB-7pfx:
Nucleosome 3 of the 4x207 nucleosome array containing H1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Chromatin / Nucleosomes / Linker Histone / Nucleosome

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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