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Structure paper

タイトルStructural basis for the inhibition of HTLV-1 integration inferred from cryo-EM deltaretroviral intasome structures.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 12, Issue 1, Page 4996, Year 2021
掲載日2021年8月17日
著者Michal S Barski / Teresa Vanzo / Xue Zhi Zhao / Steven J Smith / Allison Ballandras-Colas / Nora B Cronin / Valerie E Pye / Stephen H Hughes / Terrence R Burke / Peter Cherepanov / Goedele N Maertens /
PubMed 要旨Between 10 and 20 million people worldwide are infected with the human T-cell lymphotropic virus type 1 (HTLV-1). Despite causing life-threatening pathologies there is no therapeutic regimen for this ...Between 10 and 20 million people worldwide are infected with the human T-cell lymphotropic virus type 1 (HTLV-1). Despite causing life-threatening pathologies there is no therapeutic regimen for this deltaretrovirus. Here, we screened a library of integrase strand transfer inhibitor (INSTI) candidates built around several chemical scaffolds to determine their effectiveness in limiting HTLV-1 infection. Naphthyridines with substituents in position 6 emerged as the most potent compounds against HTLV-1, with XZ450 having highest efficacy in vitro. Using single-particle cryo-electron microscopy we visualised XZ450 as well as the clinical HIV-1 INSTIs raltegravir and bictegravir bound to the active site of the deltaretroviral intasome. The structures reveal subtle differences in the coordination environment of the Mg ion pair involved in the interaction with the INSTIs. Our results elucidate the binding of INSTIs to the HTLV-1 intasome and support their use for pre-exposure prophylaxis and possibly future treatment of HTLV-1 infection.
リンクNat Commun / PubMed:34404793 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 3.5 Å
構造データ

13075

7ouf

EMDB-13075, PDB-7ouf:
Structure of the STLV intasome:B56 complex bound to the strand-transfer inhibitor XZ450
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

13076

7oug

EMDB-13076, PDB-7oug:
STLV-1 intasome:B56 in complex with the strand-transfer inhibitor raltegravir
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

13077

7ouh

EMDB-13077, PDB-7ouh:
Structure of the STLV intasome:B56 complex bound to the strand-transfer inhibitor bictegravir
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-1L0:
4-azanyl-~{N}-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-6-[3-(dimethylamino)-3-oxidanylidene-propyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-1,8-naphthyridine-3-carboxamide

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-RLT:
N-(4-fluorobenzyl)-5-hydroxy-1-methyl-2-(1-methyl-1-{[(5-methyl-1,3,4-oxadiazol-2-yl)carbonyl]amino}ethyl)-6-oxo-1,6-di / ラルテグラビル / 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM

ChemComp-KLQ:
Bictegravir / 阻害剤*YM

由来
  • simian t-lymphotropic virus 1 (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN / STLV-1 intasome / integrase strand-transfer inhibitor / HTLV / raltegravir / STLV-intasome / raltegravir. / integrase / intasome / STLV / integration / strand-transfer inhibitors / INSTI / bictegravir / BIC / drug

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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