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Structure paper

タイトルMolecular basis for DarT ADP-ribosylation of a DNA base.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 596, Page 597-602, Year 2021
掲載日2021年5月24日 (構造データの登録日)
著者Schuller, M. / Butler, R.E. / Ariza, A. / Tromans-Coia, C. / Jankevicius, G. / Claridge, T.D.W. / Kendall, S.L. / Goh, S. / Stewart, G.R. / Ahel, I.
リンクNature / PubMed:34408320
手法X線回折
解像度1.29 - 2.96 Å
構造データ

PDB-7omu:
Thermosipho africanus DarTG in complex with ADP-ribose
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.96 Å

PDB-7omv:
Thermus sp. 2.9 DarT
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.29 Å

PDB-7omw:
Thermus sp. 2.9 DarT in complex with NAD+
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å

PDB-7omx:
Thermus sp. 2.9 DarT in complex with carba-NAD+
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.52 Å

PDB-7omy:
Thermus sp. 2.9 DarT in complex with carba-NAD+ and ssDNA
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-7omz:
Thermus sp. 2.9 DarT in complex with ADP-ribosylated ssDNA and nicotinamide
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.66 Å

PDB-7on0:
Thermus sp. 2.9 DarT in complex with ADP-ribosylated ssDNA
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.46 Å

化合物

ChemComp-APR:
ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE

ChemComp-SCN:
THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-NAD:
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD*YM

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-CNA:
CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 3-(アミノカルボニル)-1-[4β-[[(5′-アデノシルオキシ)オキシラトホスフィニルオキシ]オキシラトホスフィニ(以下略)

ChemComp-NCA:
NICOTINAMIDE / ニコチンアミド / 薬剤*YM

ChemComp-AR6:
[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL

由来
  • thermosipho africanus (バクテリア)
  • thermus sp. 2.9 (バクテリア)
キーワードTOXIN / TOXIN-ANTITOXIN / DNA ADP-RIBOSYLATION / ADP-RIBOSE / MACRODOMAIN / ADP-ribosyl transferase / ADP-ribosyltransferase activity / DNA binding

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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