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Structure paper

タイトルStructural basis of nucleosome transcription mediated by Chd1 and FACT.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 28, Issue 4, Page 382-387, Year 2021
掲載日2021年4月12日
著者Lucas Farnung / Moritz Ochmann / Maik Engeholm / Patrick Cramer /
PubMed 要旨Efficient transcription of RNA polymerase II (Pol II) through nucleosomes requires the help of various factors. Here we show biochemically that Pol II transcription through a nucleosome is ...Efficient transcription of RNA polymerase II (Pol II) through nucleosomes requires the help of various factors. Here we show biochemically that Pol II transcription through a nucleosome is facilitated by the chromatin remodeler Chd1 and the histone chaperone FACT when the elongation factors Spt4/5 and TFIIS are present. We report cryo-EM structures of transcribing Saccharomyces cerevisiae Pol II-Spt4/5-nucleosome complexes with bound Chd1 or FACT. In the first structure, Pol II transcription exposes the proximal histone H2A-H2B dimer that is bound by Spt5. Pol II has also released the inhibitory DNA-binding region of Chd1 that is poised to pump DNA toward Pol II. In the second structure, Pol II has generated a partially unraveled nucleosome that binds FACT, which excludes Chd1 and Spt5. These results suggest that Pol II progression through a nucleosome activates Chd1, enables FACT binding and eventually triggers transfer of FACT together with histones to upstream DNA.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:33846633 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 3.5 Å
構造データ

12449

7nkx

EMDB-12449, PDB-7nkx:
RNA polymerase II-Spt4/5-nucleosome-Chd1 structure
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

12450

7nky

EMDB-12450, PDB-7nky:
RNA Polymerase II-Spt4/5-nucleosome-FACT structure
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-12666:
RNA polymerase II-Spt4/5-nucleosome-Chd1 structure - Map A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-12667:
RNA polymerase II-Spt4/5-nucleosome-Chd1 structure - Map B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-12668:
RNA polymerase II-Spt4/5-nucleosome-Chd1 structure - Map C
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-12669:
RNA polymerase II-Spt4/5-nucleosome-FACT structure - Map 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-12670:
RNA polymerase II-Spt4/5-nucleosome-FACT structure - Map 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-12671:
RNA polymerase II-Spt4/5-nucleosome-FACT structure - Map 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • xenopus laevis (アフリカツメガエル)
  • saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c) (パン酵母)
  • synthetic construct (人工物)
  • synthetic rna (人工物)
キーワードTRANSCRIPTION / chromatin remodelling / nucleosome / chromatin / elongation / histone chaperone

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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