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タイトルCryo-EM structures of alphavirus conformational intermediates in low pH-triggered prefusion states.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 119, Issue 30, Page e2114119119, Year 2022
掲載日2022年7月26日
著者Chun-Liang Chen / Thomas Klose / Chengqun Sun / Arthur S Kim / Geeta Buda / Michael G Rossmann / Michael S Diamond / William B Klimstra / Richard J Kuhn /
PubMed 要旨Alphaviruses can cause severe human arthritis and encephalitis. During virus infection, structural changes of viral glycoproteins in the acidified endosome trigger virus-host membrane fusion for ...Alphaviruses can cause severe human arthritis and encephalitis. During virus infection, structural changes of viral glycoproteins in the acidified endosome trigger virus-host membrane fusion for delivery of the capsid core and RNA genome into the cytosol to initiate virus translation and replication. However, mechanisms by which E1 and E2 glycoproteins rearrange in this process remain unknown. Here, we investigate prefusion cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of eastern equine encephalitis virus (EEEV) under acidic conditions. With models fitted into the low-pH cryo-EM maps, we suggest that E2 dissociates from E1, accompanied by a rotation (∼60°) of the E2-B domain (E2-B) to expose E1 fusion loops. Cryo-EM reconstructions of EEEV bound to a protective antibody at acidic and neutral pH suggest that stabilization of E2-B prevents dissociation of E2 from E1. These findings reveal conformational changes of the glycoprotein spikes in the acidified host endosome. Stabilization of E2-B may provide a strategy for antiviral agent development.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:35867819 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度5.1 - 18.2 Å
構造データ

EMDB-24199: Localized reconstruction of EEEV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.1 Å

EMDB-24200: Pre-fusion state 2 of EEEV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.4 Å

24201

7n69

EMDB-24201: Late pre-fusion state of EEEV (pH 5.5) with localized reconstruction
PDB-7n69: Pre-fusion state 2 of EEEV with localized reconstruction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 14.1 Å

EMDB-24202: EEEV in complex with Fab22 at acidic pH (pH 5.5)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.1 Å

EMDB-24203: EEEV in complex with Fab22 at neutral pH (pH 7.4)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.7 Å

EMDB-24204: Pre-fusion state 1 of EEEV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.2 Å

24205

7n6a

EMDB-24205: Early pre-fusion state of EEEV (pH 5.5) with localized reconstruction
PDB-7n6a: Pre-fusion state 1 of EEEV with localized reconstruction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 14.3 Å

由来
  • eastern equine encephalitis virus (strain florida 91-469) (ウイルス)
キーワードVIRUS / EEEV / pre-fusion / localized reconstruction

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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