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タイトルCryo-EM structures of hIAPP fibrils seeded by patient-extracted fibrils reveal new polymorphs and conserved fibril cores.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 28, Issue 9, Page 724-730, Year 2021
掲載日2021年9月9日
著者Qin Cao / David R Boyer / Michael R Sawaya / Romany Abskharon / Lorena Saelices / Binh A Nguyen / Jiahui Lu / Kevin A Murray / Fouad Kandeel / David S Eisenberg /
PubMed 要旨Amyloidosis of human islet amyloid polypeptide (hIAPP) is a pathological hallmark of type II diabetes (T2D), an epidemic afflicting nearly 10% of the world's population. To visualize disease-relevant ...Amyloidosis of human islet amyloid polypeptide (hIAPP) is a pathological hallmark of type II diabetes (T2D), an epidemic afflicting nearly 10% of the world's population. To visualize disease-relevant hIAPP fibrils, we extracted amyloid fibrils from islet cells of a T2D donor and amplified their quantity by seeding synthetic hIAPP. Cryo-EM studies revealed four fibril polymorphic atomic structures. Their resemblance to four unseeded hIAPP fibrils varies from nearly identical (TW3) to non-existent (TW2). The diverse repertoire of hIAPP polymorphs appears to arise from three distinct protofilament cores entwined in different combinations. The structural distinctiveness of TW1, TW2 and TW4 suggests they may be faithful replications of the pathogenic seeds. If so, the structures determined here provide the most direct view yet of hIAPP amyloid fibrils formed during T2D.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:34518699 / PubMed Central
手法EM (らせん対称)
解像度3.8 - 4.1 Å
構造データ

23686

7m61

EMDB-23686, PDB-7m61:
Cryo-EM structure of human islet amyloid polypeptide (hIAPP, or amylin) fibrils seeded by patient extracted fibrils, polymorph 1
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.8 Å

23687

7m62

EMDB-23687, PDB-7m62:
Cryo-EM structure of human islet amyloid polypeptide (hIAPP, or amylin) fibrils seeded by patient extracted fibrils, polymorph 2
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.9 Å

23688

7m64

EMDB-23688, PDB-7m64:
Cryo-EM structure of human islet amyloid polypeptide (hIAPP, or amylin) fibrils seeded by patient extracted fibrils, polymorph 3
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.0 Å

23689

7m65

EMDB-23689, PDB-7m65:
Cryo-EM structure of human islet amyloid polypeptide (hIAPP, or amylin) fibrils seeded by patient extracted fibrils, polymorph 4
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.1 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードPROTEIN FIBRIL / hIAPP (アミリン (ホルモン)) / type II diabetes (2型糖尿病) / amyloid (アミロイド)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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