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タイトルThe structure of the native cardiac thin filament at systolic Ca levels.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 118, Issue 13, Year 2021
掲載日2021年3月30日
著者Cristina M Risi / Ian Pepper / Betty Belknap / Maicon Landim-Vieira / Howard D White / Kelly Dryden / Jose R Pinto / P Bryant Chase / Vitold E Galkin /
PubMed 要旨Every heartbeat relies on cyclical interactions between myosin thick and actin thin filaments orchestrated by rising and falling Ca levels. Thin filaments are comprised of two actin strands, each ...Every heartbeat relies on cyclical interactions between myosin thick and actin thin filaments orchestrated by rising and falling Ca levels. Thin filaments are comprised of two actin strands, each harboring equally separated troponin complexes, which bind Ca to move tropomyosin cables away from the myosin binding sites and, thus, activate systolic contraction. Recently, structures of thin filaments obtained at low (pCa ∼9) or high (pCa ∼3) Ca levels revealed the transition between the Ca-free and Ca-bound states. However, in working cardiac muscle, Ca levels fluctuate at intermediate values between pCa ∼6 and pCa ∼7. The structure of the thin filament at physiological Ca levels is unknown. We used cryoelectron microscopy and statistical analysis to reveal the structure of the cardiac thin filament at systolic pCa = 5.8. We show that the two strands of the thin filament consist of a mixture of regulatory units, which are composed of Ca-free, Ca-bound, or mixed (e.g., Ca free on one side and Ca bound on the other side) troponin complexes. We traced troponin complex conformations along and across individual thin filaments to directly determine the structural composition of the cardiac native thin filament at systolic Ca levels. We demonstrate that the two thin filament strands are activated stochastically with short-range cooperativity evident only on one of the two strands. Our findings suggest a mechanism by which cardiac muscle is regulated by narrow range Ca fluctuations.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:33753506 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度7.8 - 8.3 Å
構造データ

22964

7ko4

EMDB-22964, PDB-7ko4:
Structure of cardiac native thin filament at pCa=5.8 having upper and lower troponins in Ca2+ free state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.0 Å

22965

7ko5

EMDB-22965, PDB-7ko5:
Structure of cardiac native thin filament at pCa=5.8 having upper and lower troponins in Ca2+ bound state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.8 Å

22966

7ko7

EMDB-22966, PDB-7ko7:
Structure of the native cardiac thin filament at pCa=5.8 having upper Tn in Ca2+ free state and lower Tn in Ca2+ bound state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.3 Å

22978

7kon

EMDB-22978, PDB-7kon:
Structure of upper Tn Ca2+ free (rotated) and lower Tn Ca2+ bound cardiac native thin filament at pCa=5.8
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.1 Å

22981

7kor

EMDB-22981, PDB-7kor:
Structure of cardiac native thin filament at pCa=5.8 having upper troponin in Ca2+ bound state and lower troponin in Ca2+ free state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.8 Å

由来
  • sus scrofa (ブタ)
  • Sus Scofa (ブタ)
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / tropomyosin (トロポミオシン) / troponin (トロポニン) / actin (アクチン) / TF / cardiac (心臓)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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