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Structure paper

タイトルStructural insights into G protein activation by D1 dopamine receptor.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 8, Issue 23, Page eabo4158, Year 2022
掲載日2022年6月10日
著者Xiao Teng / Sijia Chen / Qing Wang / Zhao Chen / Xiaoying Wang / Niu Huang / Sanduo Zheng /
PubMed 要旨G protein-coupled receptors (GPCRs) comprise the largest family of membrane receptors and are the most important drug targets. An agonist-bound GPCR engages heterotrimeric G proteins and triggers the ...G protein-coupled receptors (GPCRs) comprise the largest family of membrane receptors and are the most important drug targets. An agonist-bound GPCR engages heterotrimeric G proteins and triggers the exchange of guanosine diphosphate (GDP) with guanosine triphosphate (GTP) to promote G protein activation. A complete understanding of molecular mechanisms of G protein activation has been hindered by a lack of structural information of GPCR-G protein complex in nucleotide-bound states. Here, we report the cryo-EM structures of the D1 dopamine receptor and mini-G complex in the nucleotide-free and nucleotide-bound states. These structures reveal major conformational changes in Gα such as structural rearrangements of the carboxyl- and amino-terminal α helices that account for the release of GDP and the GTP-dependent dissociation of Gα from Gβγ subunits. As validated by biochemical and cellular signaling studies, our structures shed light into the molecular basis of the entire signaling events of GPCR-mediated G protein activation.
リンクSci Adv / PubMed:35687690 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 4.16 Å
構造データ

EMDB-31404, PDB-7f0t:
Cryo-EM structure of dopamine receptor 1 and mini-Gs complex with dopamine bound
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-31421, PDB-7f1o:
Cryo-EM structure of the GDP-bound dopamine receptor 1 and mini-Gs complex with Nb35
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.13 Å

EMDB-31425, PDB-7f1z:
Cryo-EM structure of the GDP-bound dopamine receptor 1 and mini-Gs complex without Nb35
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.46 Å

EMDB-31426, PDB-7f23:
Cryo-EM structure of the GTP-bound dopamine receptor 1 and mini-Gs complex with Nb35
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.58 Å

EMDB-31427, PDB-7f24:
Cryo-EM structure of the GTP-bound dopamine receptor 1 and mini-Gs complex without Nb35
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.16 Å

化合物

ChemComp-LDP:
L-DOPAMINE / ド-パミン / 薬剤*YM / Dopamine (medication)

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン二リン酸

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン三リン酸

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / dopamine receptor (ドーパミン受容体) / mini-Gs

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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