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タイトルStructure of the class C orphan GPCR GPR158 in complex with RGS7-Gβ5.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 12, Issue 1, Page 6805, Year 2021
掲載日2021年11月23日
著者Eunyoung Jeong / Yoojoong Kim / Jihong Jeong / Yunje Cho /
PubMed 要旨GPR158, a class C orphan GPCR, functions in cognition, stress-induced mood control, and synaptic development. Among class C GPCRs, GPR158 is unique as it lacks a Venus flytrap-fold ligand-binding ...GPR158, a class C orphan GPCR, functions in cognition, stress-induced mood control, and synaptic development. Among class C GPCRs, GPR158 is unique as it lacks a Venus flytrap-fold ligand-binding domain and terminates Gαi/o protein signaling through the RGS7-Gβ5 heterodimer. Here, we report the cryo-EM structures of GPR158 alone and in complex with one or two RGS7-Gβ5 heterodimers. GPR158 dimerizes through Per-Arnt-Sim-fold extracellular and transmembrane (TM) domains connected by an epidermal growth factor-like linker. The TM domain (TMD) reflects both inactive and active states of other class C GPCRs: a compact intracellular TMD, conformations of the two intracellular loops (ICLs) and the TMD interface formed by TM4/5. The ICL2, ICL3, TM3, and first helix of the cytoplasmic coiled-coil provide a platform for the DHEX domain of one RGS7 and the second helix recruits another RGS7. The unique features of the RGS7-binding site underlie the selectivity of GPR158 for RGS7.
リンクNat Commun / PubMed:34815401 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.52 - 4.7 Å
構造データ

31351

7ewl

EMDB-31351, PDB-7ewl:
cryo-EM structure of apo GPR158
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.52 Å

31360

7ewp

EMDB-31360, PDB-7ewp:
Cryo-EM structure of human GPR158 in complex with RGS7-Gbeta5 in a 2:1:1 ratio
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

31363

7ewr

EMDB-31363, PDB-7ewr:
Cryo-EM structure of human GPR158 in complex with RGS7-Gbeta5 in a 2:2:2 ratio
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

EMDB-31365:
Locally refined cryo-EM map of GPR158 in complex with RGS7-Gbeta5 in a 2:1:1 ratio
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.95 Å

EMDB-31366:
Locally refined cryo-EM map of GPR158 in complex with RGS7-Gbeta5 in a 2:2:2 ratio
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.65 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードSIGNALING PROTEIN / Class C orphan GPCR / depression / neuronal signaling / PAS-folded GPCR / noncanonical signaling GPCR / GPCR (Gタンパク質共役受容体)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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