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タイトルSeven Amino Acid Types Suffice to Create the Core Fold of RNA Polymerase.
ジャーナル・号・ページJ. Am. Chem. Soc., Vol. 143, Page 15998-16006, Year 2021
掲載日2020年10月21日 (構造データの登録日)
著者Yagi, S. / Padhi, A.K. / Vucinic, J. / Barbe, S. / Schiex, T. / Nakagawa, R. / Simoncini, D. / Zhang, K.Y.J. / Tagami, S.
リンクJ. Am. Chem. Soc. / PubMed:34559526
手法X線回折
解像度1.201 - 2.314 Å
構造データ

PDB-7dbo:
DPBB domain of VCP-like ATPase from Thermoplasma acidophilum
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-7dg7:
DPBB domain of VCP-like ATPase from Methanopyrus kandleri
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.604 Å

PDB-7dg9:
DPBB domain of VCP-like ATPase from Aeropyrum pernix
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.602 Å

PDB-7di0:
Crystal structure of the rationally designed apDPBB_sym_79 protein
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-7di1:
Crystal structure of the rationally designed mkDPBB_sym_86 protein
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.097 Å

PDB-7du6:
Crystal structure of the rationally designed mkDPBB_sym2 protein
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-7du7:
Crystal structure of the rationally designed mkDPBB_sym1 protein
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.201 Å

PDB-7dvc:
Crystal structure of the computationally designed reDPBB_sym1 protein
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.705 Å

PDB-7dvf:
Crystal structure of the computationally designed reDPBB_sym2 protein
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.209 Å

PDB-7dvh:
Crystal structure of the computationally designed reDPBB_sym4 protein
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.698 Å

PDB-7dww:
Crystal structure of the computationally designed msDPBB_sym2 protein
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.802 Å

PDB-7dxr:
Crystal structure of the mk2h peptide homodimer.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-7dxs:
Crystal structure of the ap1h peptide homodimer.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.102 Å

PDB-7dxt:
Crystal structure of the chemically synthesized mk2h peptide homodimer
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-7dxu:
Crystal structure of the mk2h_deltaP peptide homodimer
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.314 Å

PDB-7dxv:
Crystal structure of the mk2h_deltaY peptide homodimer
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.301 Å

PDB-7dxw:
Crystal structure of the mk2h_deltaMIL peptide homodimer
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.509 Å

PDB-7dxx:
Crystal structure of the mk2h_deltaMILPS peptide homodimer
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.403 Å

PDB-7dxy:
Crystal structure of the chemically synthesized mk2h_deltaMILPS peptide homodimer
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-7dxz:
Crystal structure of the chemically synthesized mk2h_deltaMILPYS peptide homodimer in complex with malonate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-7dyc:
Crystal structure of the chemically synthesized mk2h_deltaMILPYS peptide homodimer in complex with malate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

化合物

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-IMD:
IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-EPE:
4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / pH緩衝剤*YM

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-ACT:
ACETATE ION / 酢酸イオン

ChemComp-MPD:
(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 沈殿剤*YM

ChemComp-CXS:
3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸 / pH緩衝剤*YM

ChemComp-MLA:
MALONIC ACID / マロン酸

ChemComp-MLT:
D-MALATE / D-りんご酸

ChemComp-LMR:
(2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-りんご酸

由来
  • thermoplasma acidophilum (strain atcc 25905 / dsm 1728 / jcm 9062 / nbrc 15155 / amrc-c165) (好酸性)
  • methanopyrus kandleri (strain av19 / dsm 6324 / jcm 9639 / nbrc 100938) (古細菌)
  • aeropyrum pernix (strain atcc 700893 / dsm 11879 / jcm 9820 / nbrc 100138 / k1) (好気性超好熱古細菌)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードCHAPERONE / Double psi beta barrel

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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