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タイトルStructures of Echovirus 30 in complex with its receptors inform a rational prediction for enterovirus receptor usage.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 11, Issue 1, Page 4421, Year 2020
掲載日2020年9月4日
著者Kang Wang / Ling Zhu / Yao Sun / Minhao Li / Xin Zhao / Lunbiao Cui / Li Zhang / George F Gao / Weiwei Zhai / Fengcai Zhu / Zihe Rao / Xiangxi Wang /
PubMed 要旨Receptor usage that determines cell tropism and drives viral classification closely correlates with the virus structure. Enterovirus B (EV-B) consists of several subgroups according to receptor ...Receptor usage that determines cell tropism and drives viral classification closely correlates with the virus structure. Enterovirus B (EV-B) consists of several subgroups according to receptor usage, among which echovirus 30 (E30), a leading causative agent for human aseptic meningitis, utilizes FcRn as an uncoating receptor. However, receptors for many EVs remain unknown. Here we analyzed the atomic structures of E30 mature virion, empty- and A-particles, which reveals serotype-specific epitopes and striking conformational differences between the subgroups within EV-Bs. Of these, the VP1 BC loop markedly distinguishes E30 from other EV-Bs, indicative of a role as a structural marker for EV-B. By obtaining cryo-electron microscopy structures of E30 in complex with its receptor FcRn and CD55 and comparing its homologs, we deciphered the underlying molecular basis for receptor recognition. Together with experimentally derived viral receptor identifications, we developed a structure-based in silico algorithm to inform a rational prediction for EV receptor usage.
リンクNat Commun / PubMed:32887891 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.6 Å
構造データ

30315

7c9s

EMDB-30315, PDB-7c9s:
Echovirus 30 F-particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

30316

7c9t

EMDB-30316, PDB-7c9t:
Echovirus 30 A-particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

30317

7c9u

EMDB-30317, PDB-7c9u:
Echovirus 30 E-particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

30318

7c9v

EMDB-30318, PDB-7c9v:
E30 F-particle in complex with FcRn
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

30319

7c9w

EMDB-30319, PDB-7c9w:
E30 F-particle in complex with CD55
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

30320

7c9x

EMDB-30320, PDB-7c9x:
Echovirus 3 F-particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

30321

7c9y

EMDB-30321, PDB-7c9y:
Coxsackievirus B5 (CVB5) F-particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

30322

7c9z

EMDB-30322, PDB-7c9z:
Coxsackievirus B1 F-particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

化合物

ChemComp-SPH:
SPHINGOSINE / スフィンゴシン

ChemComp-MYR:
MYRISTIC ACID / ミリスチン酸 / ミリスチン酸

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸 / パルミチン酸

由来
  • echovirus e30 (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
  • echovirus e3 (ウイルス)
  • coxsackievirus b5 (コクサッキーウイルス)
  • coxsackievirus b1 (コクサッキーウイルス)
キーワードVIRUS (ウイルス) / Echovirus B / mature / altered particle / premature / receptor (受容体) / Echovirus 30 / attachement receptor

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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