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タイトルMDA5 disease variant M854K prevents ATP-dependent structural discrimination of viral and cellular RNA.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 12, Issue 1, Page 6668, Year 2021
掲載日2021年11月18日
著者Qin Yu / Alba Herrero Del Valle / Rahul Singh / Yorgo Modis /
PubMed 要旨Our innate immune responses to viral RNA are vital defenses. Long cytosolic double-stranded RNA (dsRNA) is recognized by MDA5. The ATPase activity of MDA5 contributes to its dsRNA binding selectivity. ...Our innate immune responses to viral RNA are vital defenses. Long cytosolic double-stranded RNA (dsRNA) is recognized by MDA5. The ATPase activity of MDA5 contributes to its dsRNA binding selectivity. Mutations that reduce RNA selectivity can cause autoinflammatory disease. Here, we show how the disease-associated MDA5 variant M854K perturbs MDA5-dsRNA recognition. M854K MDA5 constitutively activates interferon signaling in the absence of exogenous RNA. M854K MDA5 lacks ATPase activity and binds more stably to synthetic Alu:Alu dsRNA. CryoEM structures of MDA5-dsRNA filaments at different stages of ATP hydrolysis show that the K854 sidechain forms polar bonds that constrain the conformation of MDA5 subdomains, disrupting key steps in the ATPase cycle- RNA footprint expansion and helical twist modulation. The M854K mutation inhibits ATP-dependent RNA proofreading via an allosteric mechanism, allowing MDA5 to form signaling complexes on endogenous RNAs. This work provides insights on how MDA5 recognizes dsRNA in health and disease.
リンクNat Commun / PubMed:34795277 / PubMed Central
手法EM (らせん対称)
解像度2.8 - 4.3 Å
構造データ

11937

7bkq

EMDB-11937: CryoEM structure of the MDA5-dsRNA filament in complex with ADP with 92-degree helical twist
PDB-7bkq: CryoEM structure of MDA5-dsRNA filament in complex with ADP with 92-degree helical twist
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.4 Å

12092

7nga

EMDB-12092, PDB-7nga:
CryoEM structure of the MDA5-dsRNA filament in complex with ADP with 88-degree helical twist
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.9 Å

12213

7bkp

EMDB-12213, PDB-7bkp:
CryoEM structure of disease related M854K MDA5-dsRNA filament in complex with ATP
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.8 Å

12288

7niq

EMDB-12288: CryoEM structure of disease related M854K MDA5-dsRNA filament in complex with ADP-AlF4(main class)
PDB-7niq: CryoEM structure of disease related M854K MDA5-dsRNA filament in complex with ADP-AlF4(Major class)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.26 Å

12294

7nic

EMDB-12294, PDB-7nic:
CryoEM structure of disease related M854K MDA5-dsRNA filament in complex with ADP-AlF4(minor class)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.3 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

ChemComp-ALF:
TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • pseudomonas virus phi6 (ウイルス)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / PROTEIN-RNA COMPLEX / HELICAL FILAMENT / ATPASE (ATPアーゼ) / INNATE IMMUNE RECEPTOR / ANTIVIRAL PROTEIN

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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