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タイトルReversible Covalent Imine-Tethering for Selective Stabilization of 14-3-3 Hub Protein Interactions.
ジャーナル・号・ページJ. Am. Chem. Soc., Vol. 143, Page 8454-8464, Year 2021
掲載日2020年10月14日 (構造データの登録日)
著者Cossar, P.J. / Wolter, M. / van Dijck, L. / Valenti, D. / Levy, L.M. / Ottmann, C. / Brunsveld, L.
リンクJ. Am. Chem. Soc. / PubMed:34047554
手法X線回折
解像度1.081 - 1.9 Å
構造データ

PDB-7aog:
14-3-3 sigma in complex with Pin1 binding site pS72
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-7axn:
14-3-3 sigma in complex with Pin1 binding site pS72 and covalently bound TCF521-026
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-7ayf:
14-3-3 sigma with Pin1 binding site pS72 and covalently bound TCF521-110
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.752 Å

PDB-7az1:
14-3-3 sigma with Pin1 binding site pS72 and covalently bound LvD1013
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.15 Å

PDB-7az2:
14-3-3 sigma with Pin1 binding site pS72 and covalently bound LvD1014
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.081 Å

PDB-7bdp:
14-3-3 sigma with Pin1 binding site pS72 and covalently bound LvD1017
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-7bdt:
14-3-3 sigma with Pin1 binding site pS72 and covalently bound LvD1009
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-7bdy:
14-3-3 sigma with Pin1 binding site pS72 and covalently bound PC2068B
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.801 Å

PDB-7bfw:
14-3-3 sigma with Pin1 binding site pS72 and covalently bound PC2068A
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-7bg3:
14-3-3 sigma with Pin1 binding site pS72 and covalently bound PC2046
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-7bgq:
14-3-3 sigma with Pin1 binding site pS72 and covalently bound LvD1019
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-7bgr:
14-3-3 sigma with Pin1 binding site pS72 and covalently bound LvD1016
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-7bgv:
14-3-3 sigma with Pin1 binding site pS72 and covalently bound LvD1012
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.683 Å

PDB-7bgw:
14-3-3 sigma with Pin1 binding site pS72 and covalently bound LvD1011
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-7nif:
14-3-3 sigma with Pin1 binding site pS72 and covalently bound TCF521-011
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.71 Å

PDB-7nig:
14-3-3 sigma with Pin1 binding site pS72 and covalently bound LvD1008
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-7nix:
14-3-3 sigma with AS160 binding site pT642
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-7nj6:
14-3-3 sigma with Pin1 binding site pS72 and covalently bound LvD1005
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.59 Å

PDB-7nj8:
14-3-3 sigma with Pin1 binding site pS72 and covalently bound LvD1007
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-7nja:
14-3-3 sigma with Pin1 binding site pS72 and covalently bound LvD1006
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-7nqp:
14-3-3 sigma with RelA/p65 binding site pS45 and covalently bound LvD1009
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.24 Å

PDB-7nrk:
14-3-3 sigma with Pin1 binding site pS72 and covalently bound LvD1002F1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-7nrl:
14-3-3 sigma with Pin1 binding site pS72 and covalently bound LvD1032
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-7nsv:
14-3-3 sigma with p65 (RelA) binding site pS45 and covalently bound PC2046
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.33 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-S6B:
3-chloranyl-4-imidazol-1-yl-benzaldehyde

ChemComp-S9E:
6-(2-bromanylimidazol-1-yl)pyridine-3-carbaldehyde

ChemComp-SGH:
1-[4-methyl-3-(trifluoromethyl)phenyl]-2-phenyl-imidazole

ChemComp-SFW:
1-[4-methyl-2-(trifluoromethyl)phenyl]-2-phenyl-imidazole

ChemComp-TJB:
2-chloranyl-4-(2-phenylimidazol-1-yl)benzaldehyde

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-TJ8:
2-bromanyl-4-(2-phenylimidazol-1-yl)benzaldehyde

ChemComp-TJK:
2-bromanyl-4-[2-(5-bromanyl-2-fluoranyl-phenyl)imidazol-1-yl]benzaldehyde

ChemComp-TKH:
[4-[2-[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]imidazol-1-yl]-2-bromanyl-phenyl]methanol

ChemComp-TKK:
1-(3-bromanyl-4-methyl-phenyl)-2-(2-bromophenyl)imidazole

ChemComp-TL8:
2-methoxy-4-(2-phenylimidazol-1-yl)benzaldehyde

ChemComp-TQK:
2-methyl-4-(2-phenylimidazol-1-yl)benzaldehyde

ChemComp-TLK:
3-methoxy-4-(2-phenylimidazol-1-yl)benzaldehyde

ChemComp-TLQ:
4-(2-phenylimidazol-1-yl)naphthalene-1-carbaldehyde

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-P5N:
1-(4-methylphenyl)imidazole / 4-(1H-イミダゾ-ル-1-イル)ベンズアルデヒド

ChemComp-UFH:
2-bromanyl-4-imidazol-1-yl-benzaldehyde

ChemComp-NHE:
2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸 / pH緩衝剤*YM

ChemComp-UG5:
4-[4-(trifluoromethyl)imidazol-1-yl]benzaldehyde

ChemComp-JFS:
[4-(1H-benzimidazol-1-yl)phenyl]methanol

ChemComp-UG2:
[4-(2-phenylimidazol-1-yl)phenyl]methanol

ChemComp-UPQ:
4-(4-methylimidazol-1-yl)benzaldehyde

ChemComp-PEG:
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル

ChemComp-UPK:
2-(hydroxymethyl)-5-(2-phenylimidazol-1-yl)phenol

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-UQN:
1-(3-bromanyl-4-methyl-phenyl)-2-(2-bromophenyl)imidazole

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / 1433 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1 / TBC1 domain family member 4 / peptide-protein complex / benzaldehyde / covalent fragment / p65 / imine formation

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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