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タイトルStructural Analysis and Development of Notum Fragment Screening Hits.
ジャーナル・号・ページAcs Chem Neurosci, Vol. 13, Page 2060-2077, Year 2022
掲載日2020年12月2日 (構造データの登録日)
著者Zhao, Y. / Mahy, W. / Willis, N.J. / Woodward, H.L. / Steadman, D. / Bayle, E.D. / Atkinson, B.N. / Sipthorp, J. / Vecchia, L. / Ruza, R.R. ...Zhao, Y. / Mahy, W. / Willis, N.J. / Woodward, H.L. / Steadman, D. / Bayle, E.D. / Atkinson, B.N. / Sipthorp, J. / Vecchia, L. / Ruza, R.R. / Harlos, K. / Jeganathan, F. / Constantinou, S. / Costa, A. / Kjaer, S. / Bictash, M. / Salinas, P.C. / Whiting, P. / Vincent, J.P. / Fish, P.V. / Jones, E.Y.
リンクAcs Chem Neurosci / PubMed:35731924
手法X線回折
解像度1.24 - 1.94 Å
構造データ

PDB-7b4x:
Notum complex with ARUK3002697
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.24 Å

PDB-7b84:
Notum-Fragment065
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.36 Å

PDB-7b86:
Notum-Fragment067
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-7b87:
Notum-Fragment074
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.58 Å

PDB-7b89:
Notum-Fragment077
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.84 Å

PDB-7b8c:
Notum-Fragment 147
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.43 Å

PDB-7b8d:
Notum-Fragment 151
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.62 Å

PDB-7b8f:
Notum-Fragment 154
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.62 Å

PDB-7b8g:
Notum-Fragment 159
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.58 Å

PDB-7b8j:
Notum-Fragment 163
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-7b8k:
Notum-Fragment 173
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-7b8l:
Notum-Fragment 174
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.45 Å

PDB-7b8m:
Notum-Fragment 193
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.48 Å

PDB-7b8n:
Notum-Fragment 197
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.56 Å

PDB-7b8o:
Notum-Fragment 199
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-7b8u:
Notum-Fragment 201
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.54 Å

PDB-7b8x:
Notum-Fragment 210
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.51 Å

PDB-7b8y:
Notum-Fragment 276
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.57 Å

PDB-7b8z:
Notum-Fragment 277
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.73 Å

PDB-7b98:
Notum Fragment 282
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.53 Å

PDB-7b99:
Notum Fragment 283
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.81 Å

PDB-7b9d:
Notum Fragment 290
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.93 Å

PDB-7b9i:
Notum Fragment 297
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.34 Å

PDB-7b9n:
Notum Fragment 588
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.38 Å

PDB-7b9u:
Notum Fragment 609
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-7ba1:
Notum Fragment 634
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.93 Å

PDB-7bac:
Notum Fragment 646
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.54 Å

PDB-7bap:
Notum Fragment 648
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.53 Å

PDB-7bc8:
Notum Fragment 658
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.74 Å

PDB-7bc9:
Notum Fragment 690
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.73 Å

PDB-7bcc:
Notum Fragment 705
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.58 Å

PDB-7bcd:
Notum Fragment 714
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.51 Å

PDB-7bcf:
Notum Fragment 722
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.86 Å

PDB-7bch:
Notum Fragment 772
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-7bci:
Notum Fragment 784
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.94 Å

PDB-7bck:
Notum Fragment 791
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-7bcl:
Notum Fragment 792
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.84 Å

PDB-7bd2:
Notum Fragment 810
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.52 Å

PDB-7bd3:
Notum Fragment 823
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.91 Å

PDB-7bd4:
Notum Fragment 828
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-7bd5:
Notum Fragment 830
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.69 Å

PDB-7bd6:
Notum Fragment 863
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-7bd8:
Notum Fragment 872
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.42 Å

PDB-7bd9:
Notum Fragment 886
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.59 Å

PDB-7bda:
Notum Fragment 900
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.47 Å

PDB-7bdb:
Notum Fragment 916
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.46 Å

PDB-7bdc:
Notum Fragment 923
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.32 Å

PDB-7bdd:
Notum Fragment 924
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.47 Å

PDB-7bdf:
Notum Fragment 927
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-7bdg:
Notum Fragment 934
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-7bdh:
Notum Fragment 955
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.54 Å

化合物

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-DMS:
DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / DMSO, 沈殿剤*YM

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

ChemComp-SWT:
6-(4-methylphenyl)sulfanyl-2~{H}-[1,2,4]triazolo[4,3-b]pyridazin-3-one

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-JFS:
[4-(1H-benzimidazol-1-yl)phenyl]methanol

ChemComp-AW7:
2-[4-(1~{H}-pyrazol-3-yl)phenoxy]pyrimidine

ChemComp-JFV:
methyl 2-(4-aminophenoxy)benzoate

ChemComp-T1Z:
[1-(3,4-dichlorophenyl)-1,2,3-triazol-4-yl]methanol

ChemComp-GRV:
2-methyl-~{N}-(2-methylpropyl)imidazo[1,2-a]pyridine-3-carboxamide

ChemComp-SFY:
4-amino-N-(pyridin-2-yl)benzenesulfonamide / スルファピリジン / 薬剤, 抗生剤*YM

ChemComp-RYM:
4-(benzimidazol-1-ylmethyl)benzenecarbonitrile / 4-(1H-ベンゾイミダゾ-ル-1-イルメチル)ベンゾニトリル

ChemComp-MJW:
2-phenylmethoxyaniline / 2-(ベンジルオキシ)アニリン

ChemComp-BP4:
biphenyl-4-ylacetic acid / フェルビナク / 抗炎症剤*YM

ChemComp-AXV:
1~{H}-benzimidazol-2-ylcyanamide

ChemComp-AY4:
2,4-bis(fluoranyl)-6-(1~{H}-pyrazol-3-yl)phenol

ChemComp-GQM:
5-methoxy-2-(1~{H}-pyrazol-3-yl)phenol

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-T2E:
5-azanyl-2-(pyridin-3-ylmethylamino)benzoic acid

ChemComp-T1W:
[(2~{S})-2-methylpiperidin-1-yl]-morpholin-4-yl-methanone

ChemComp-RUY:
4-(piperidin-1-yl)-1,2,5-oxadiazol-3-amine

ChemComp-U3K:
~{N}-methyl-~{N}-[(5-methylfuran-2-yl)methyl]-1-phenyl-methanamine

ChemComp-T2H:
5-(3-ethoxyphenyl)-1,3,4-thiadiazol-2-amine

ChemComp-A6Z:
2-[4-(3-chlorophenyl)piperazin-1-ium-1-yl]ethanenitrile

ChemComp-EJW:
(3-phenyl-1,2-oxazol-5-yl)methylazanium

ChemComp-B1A:
~{N}-(4-phenylazanylphenyl)ethanamide / 4′-(アニリノ)アセトアニリド

ChemComp-T3N:
2-(4-acetamidophenoxy)ethanoic acid / LR-86

ChemComp-T3T:
1-(1,3-benzodioxol-5-yl)-~{N}-(pyridin-2-ylmethyl)methanamine

ChemComp-N9J:
benzyl hydroxycarbamate / ヒドロキシカルバミド酸ベンジル

ChemComp-O3D:
4-[(furan-2-yl)methyl]-1lambda~6~,4-thiazinane-1,1-dione

ChemComp-S1V:
1-ethanoylpiperidine-4-carbonitrile

ChemComp-LO5:
1-(1,3-benzodioxol-5-yl)-~{N}-[[(2~{R})-oxolan-2-yl]methyl]methanamine

ChemComp-S4V:
~{N}2-pyridin-2-ylbenzene-1,2-diamine

ChemComp-TAH:
2-(benzyloxy)benzohydrazide

ChemComp-UR4:
2-methoxy-N-(4-phenyl-1,3-thiazol-2-yl)acetamide

ChemComp-TB5:
4-(4-pyrrol-1-ylphenyl)morpholine

ChemComp-T9Z:
2-(morpholin-4-ium-4-ylmethyl)naphthalen-1-ol

ChemComp-T9W:
2-[4-(2,5-Dioxopyrrolidin-1-yl)phenoxy]acetate

ChemComp-T9Q:
N-Benzyl-2-methoxyacetamide / N-ベンジル-2-メトキシアセトアミド

ChemComp-GVV:
~{N}-(4-methyl-2-oxidanyl-phenyl)propanamide

ChemComp-T9B:
(2S)-N-(4-Methoxybenzyl)tetrahydrofuran-2-carboxamide / (2S)-N-(4-メトキシベンジル)テトラヒドロフラン-2-カルボアミド

ChemComp-T9K:
methyl 2-(4-cyanophenoxy)ethanoate

ChemComp-NUM:
N-[2-(4-hydroxyphenyl)ethyl]pyridine-2-carboxamide

ChemComp-TE5:
4-methoxy-6-phenyl-pyrimidin-2-amine

ChemComp-JHJ:
N-(4-methoxyphenyl)-N'-pyridin-4-ylurea / 1-[(4-メトキシフェニル)]-3-(ピリジン-4-イル)尿素

ChemComp-YI6:
2-(4-ethoxyphenyl)ethanoic acid / 4-エトキシフェニル酢酸

ChemComp-JH7:
1-methyl-5-(phenylamino)-1,2-dihydro-3H-pyrazol-3-one

ChemComp-QL5:
(2,5-dimethylphenyl) pyridine-4-carboxylate

ChemComp-GW1:
(4-chloranyl-2-methyl-pyrazol-3-yl)-piperidin-1-yl-methanone

ChemComp-O1J:
(benzyloxy)acetic acid / ベンジルオキシ酢酸

ChemComp-NW7:
3-ethyl-5-methyl-N-(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)-1,2-oxazole-4-carboxamide

ChemComp-WNA:
1-methyl-N-[(2-methylphenyl)methyl]-1H-tetrazol-5-amine

ChemComp-TE8:
(2~{R})-2-(4-phenylphenoxy)propanoic acid / (R)-2-[(ビフェニル-4-イル)オキシ]プロパン酸

ChemComp-TEH:
4-(2-phenoxyethanoyl)piperazin-2-one

ChemComp-TEK:
~{N}-(1-ethylbenzimidazol-2-yl)ethanamide

ChemComp-TEZ:
N-(2,1,3-Benzothiadiazol-5-yl)acetamide

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードHYDROLASE / Notum Inhibitor complex / Notum Fragment / Notum Inhibitor / Notum Inhibitor Wnt / Notum Inhibitor Fragment Screen

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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