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タイトルCryo-EM structure of metazoan TRAPPIII, the multi-subunit complex that activates the GTPase Rab1.
ジャーナル・号・ページEMBO J, Vol. 40, Issue 12, Page e107608, Year 2021
掲載日2021年6月15日
著者Antonio Galindo / Vicente J Planelles-Herrero / Gianluca Degliesposti / Sean Munro /
PubMed 要旨The TRAPP complexes are nucleotide exchange factors that play essential roles in membrane traffic and autophagy. TRAPPII activates Rab11, and TRAPPIII activates Rab1, with the two complexes sharing a ...The TRAPP complexes are nucleotide exchange factors that play essential roles in membrane traffic and autophagy. TRAPPII activates Rab11, and TRAPPIII activates Rab1, with the two complexes sharing a core of small subunits that affect nucleotide exchange but being distinguished by specific large subunits that are essential for activity in vivo. Crystal structures of core subunits have revealed the mechanism of Rab activation, but how the core and the large subunits assemble to form the complexes is unknown. We report a cryo-EM structure of the entire Drosophila TRAPPIII complex. The TRAPPIII-specific subunits TRAPPC8 and TRAPPC11 hold the catalytic core like a pair of tongs, with TRAPPC12 and TRAPPC13 positioned at the joint between them. TRAPPC2 and TRAPPC2L link the core to the two large arms, with the interfaces containing residues affected by disease-causing mutations. The TRAPPC8 arm is positioned such that it would contact Rab1 that is bound to the core, indicating how the arm could determine the specificity of the complex. A lower resolution structure of TRAPPII shows a similar architecture and suggests that the TRAPP complexes evolved from a single ur-TRAPP.
リンクEMBO J / PubMed:34018214 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.6 - 15.0 Å
構造データ

EMDB-12052, PDB-7b6d:
Drosophila melanogaster TRAPPCore (C1, C2, C2L, C3a/b, C4, C5, C6 subunits)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.27 Å

EMDB-12053: Drosophila melanogaster TRAPP C8, C12 and C13 region map from the TRAPPIII complex
PDB-7b6e: Drosophila melanogaster TRAPP C8 subunits region 355 to 661
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-12054: TRAPP C11 region of the whole TRAPPIII complex
PDB-7b6h: Drosophila melanogaster TRAPP C11 subunits region 1 to 718
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.4 Å

EMDB-12056: Drosophila melanogaster TRAPPIII complex
PDB-7b6r: Drosophila melanogaster TRAPPIII partial complex: core plus C8 and C11 attached region
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.8 Å

EMDB-12057, PDB-7b6x:
TRAPPCore from the MiniTRAPPIII complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-12058: C8 region from the MiniTRAPPIII complex
PDB-7b6y: C8(355-600) from the MiniTRAPPIII complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.7 Å

EMDB-12060: TRAPPC11 region from the MiniTRAPPIII complex
PDB-7b6z: TRAPPC11 subunit (1-716)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.5 Å

EMDB-12063: Whole MiniTRAPPIII
PDB-7b70: TRAPPCore plus C8 (355-596) and C11 (1-718) from MiniTRAPPIII
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-12066:
Drosophila melnaogaster TRAPPII
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.0 Å

由来
  • drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
キーワードEXOCYTOSIS / Golgi / GEFS / Rab1 / TRAPP / TRAPPIII complex / TRAPP complexes

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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