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Structure paper

タイトルSteps toward translocation-independent RNA polymerase inactivation by terminator ATPase ρ.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 371, Issue 6524, Year 2021
掲載日2021年1月1日
著者Nelly Said / Tarek Hilal / Nicholas D Sunday / Ajay Khatri / Jörg Bürger / Thorsten Mielke / Georgiy A Belogurov / Bernhard Loll / Ranjan Sen / Irina Artsimovitch / Markus C Wahl /
PubMed 要旨Factor-dependent transcription termination mechanisms are poorly understood. We determined a series of cryo-electron microscopy structures portraying the hexameric adenosine triphosphatase (ATPase) ...Factor-dependent transcription termination mechanisms are poorly understood. We determined a series of cryo-electron microscopy structures portraying the hexameric adenosine triphosphatase (ATPase) ρ on a pathway to terminating NusA/NusG-modified elongation complexes. An open ρ ring contacts NusA, NusG, and multiple regions of RNA polymerase, trapping and locally unwinding proximal upstream DNA. NusA wedges into the ρ ring, initially sequestering RNA. Upon deflection of distal upstream DNA over the RNA polymerase zinc-binding domain, NusA rotates underneath one capping ρ subunit, which subsequently captures RNA. After detachment of NusG and clamp opening, RNA polymerase loses its grip on the RNA:DNA hybrid and is inactivated. Our structural and functional analyses suggest that ρ, and other termination factors across life, may use analogous strategies to allosterically trap transcription complexes in a moribund state.
リンクScience / PubMed:33243850 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.9 - 5.7 Å
構造データ

EMDB-11087: Transcription termination complex 1
PDB-6z9p: Transcription termination intermediate complex 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-11088, PDB-6z9q:
Transcription termination intermediate complex 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.7 Å

EMDB-11089, PDB-6z9r:
Transcription termination intermediate complex 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-11090: Transcription termination interdmediate complex 4
PDB-6z9s: Transcription termination intermediate complex 4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-11091, PDB-6z9t:
Transcription termination intermediate complex 5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-11722, PDB-7adb:
Transcription termination intermediate complex 1 delta NusG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-11723, PDB-7adc:
Transcription termination intermediate complex 3 delta NusG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-11724, PDB-7add:
Transcription termination intermediate complex IIIa
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-11725, PDB-7ade:
Transcription termination complex IVa
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

化合物

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-DG:
2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / dGMP / dGMP*YM

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-DT:
THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / TMP / dTMP*YM

ChemComp-DA:
2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / dAMP / dAMP*YM

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードTRANSCRIPTION / Termination / Helicase / RNA Polymerase / Rho

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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