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キーワード
構造解析手法	All X線回折 NMR 電子顕微鏡小角散乱中性子線回折線維回折粉末回折赤外分光 EPR FRET 理論モデルハイブリッド
著者・登録者
ジャーナル
IF	>30 >20 >10 >5 all

タイトル	Allosteric drug transport mechanism of multidrug transporter AcrB.
ジャーナル・号・ページ	Nat Commun, Vol. 12, Page 3889-3889, Year 2021
掲載日	2020年7月7日 (構造データの登録日)
著者	Tam, H.K. / Foong, W.E. / Oswald, C. / Herrmann, A. / Zeng, H. / Pos, K.M.
リンク	Nat Commun / PubMed:34188038
手法	X線回折
解像度	2.35 - 3.3 Å
構造データ	PDB-6zo5: Fusidic acid binding to the TM1/TM2 groove of AcrB-G619P_G621P 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å PDB-6zo6: Minocycline binding to the deep binding pocket of AcrB-G619P 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.35 Å PDB-6zo7: 3-Formylrifamycin SV binding to the access pocket of AcrB-G619P L and T protomer 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.85 Å PDB-6zo8: Minocycline binding to the deep binding pocket of AcrB-G621P 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å PDB-6zo9: Binding of two rifabutins to the access pocket of AcrB-G621P T protomer 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.7 Å PDB-6zoa: Partially induced AcrB T protomer and DDM binding to the TM8/PC2 pathway of AcrB L2 protomer 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.05 Å PDB-6zob: 3-Formylrifamycin SV binding to the access pocket of AcrB L protomer 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å PDB-6zoc: Erythromycin binding to the access pocket of AcrB-G616P L protomer and 3-formylrifamycin SV binding to the access pocket of AcrB-G616P T protomer 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.89 Å PDB-6zod: Fusidic acid binding to the allosteric deep transmembrane domain binding pocket, TM7/TM8 groove, and TM1/TM2 groove of the fully induced AcrB T protomer 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.85 Å PDB-6zoe: AcrB-F563A symmetric T protomer 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.85 Å PDB-6zof: Fusidic acid binding to the TM7/TM8 groove of AcrB-F380A T protomer 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.3 Å PDB-6zog: Minocycline binding to the deep binding pocket of AcrB-I38F_I671T 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.75 Å PDB-6zoh: 3-Formylrifamycin SV binding to the access pocket of AcrB-G619P_G621P L and T protomers 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å
化合物	ChemComp-XPE: 3,6,9,12,15,18,21,24,27-NONAOXANONACOSANE-1,29-DIOL / デカエチレングリコ-ル / 沈殿剤YM ChemComp-LMT: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤YM ChemComp-D12: DODECANE / ドデカン ChemComp-D10: DECANE / デカン ChemComp-GOL: GLYCEROL / グリセロ-ル ChemComp-HEX: HEXANE / ヘキサン ChemComp-EDO: 1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル ChemComp-DDR: (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl didecanoate / 1-O,2-O-ジデカノイル-L-グリセロ-ル ChemComp-FUA: FUSIDIC ACID / フシジン酸 / 抗生剤, AntimicrobialYM ChemComp-C14: TETRADECANE / テトラデカン ChemComp-SO4: SULFATE ION / 硫酸ジアニオン ChemComp-LPX: (2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-hydroxypropyl hexadecanoate / ヘキサデカン酸(S)-3-[(2-アミノエトキシホスホニル)オキシ]-2-ヒドロキシプロピル ChemComp-PGE: TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル ChemComp-PTY: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質YM ChemComp-OCT: N-OCTANE / オクタン ChemComp-HOH: WATER ChemComp-DDQ: DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE / デシルジメチルアミンオキシド ChemComp-MIY: (4S,4AS,5AR,12AS)-4,7-BIS(DIMETHYLAMINO)-3,10,12,12A-TETRAHYDROXY-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2- / ミノサイクリン / 薬剤, 抗生剤YM ChemComp-CL: Unknown entry / クロリド ChemComp-MYS: PENTADECANE / ペンタデカン ChemComp-PG4: TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / 沈殿剤YM ChemComp-8K6: Octadecane / オクタデカン ChemComp-R16: HEXADECANE / ヘキサデカン ChemComp-1PE: PENTAETHYLENE GLYCOL / ペンタエチレングリコ-ル / 沈殿剤YM ChemComp-3YI: (2S,12Z,14E,16S,17S,18R,19R,20R,21S,22R,23S,24E)-8-formyl-5,6,9,17,19-pentahydroxy-23-methoxy-2,4,12,16,18,20,22-heptam ChemComp-NA: Unknown entry / ナトリウムカチオン ChemComp-LMU: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤YM ChemComp-RBT: RIFABUTIN / リファブチン / 抗生剤, 抗レトロウイルス剤YM ChemComp-LNK: PENTANE / ペンタン ChemComp-ETE: 2-{2-[2-2-(METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / テトラエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル ChemComp-ERY: ERYTHROMYCIN A / エリスロマイシン / 抗生剤YM
由来	escherichia coli k-12 (大腸菌) synthetic construct (人工物) escherichia coli (strain k12) (大腸菌)
キーワード	TRANSPORT PROTEIN / Multidrug efflux pump / Membrane protein