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万見
- PDB-6zoe: AcrB-F563A symmetric T protomer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zoe
タイトルAcrB-F563A symmetric T protomer
要素
  • DARPIN
  • Multidrug efflux pump subunit AcrB
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Multidrug efflux pump / Membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport ...alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / fatty acid transport / response to toxic substance / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / Acriflavin resistance protein / AcrB/AcrD/AcrF family / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DECANE / TRIETHYLENE GLYCOL / Multidrug efflux pump subunit AcrB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Tam, H.K. / Foong, W.E. / Pos, K.M.
資金援助 ドイツ, European Union, 3件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)DFG-EXC115 ドイツ
German-Israeli Foundation for Research and DevelopmentI-1202-248.9/2012 ドイツ
European Communitys Seventh Framework ProgrammeFP7/2007-2013European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Allosteric drug transport mechanism of multidrug transporter AcrB.
著者: Tam, H.K. / Foong, W.E. / Oswald, C. / Herrmann, A. / Zeng, H. / Pos, K.M.
履歴
登録2020年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug efflux pump subunit AcrB
B: DARPIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,0558
ポリマ－132,9782
非ポリマー1,0776
水97354
1
A: Multidrug efflux pump subunit AcrB
B: DARPIN
ヘテロ分子

A: Multidrug efflux pump subunit AcrB
B: DARPIN
ヘテロ分子

A: Multidrug efflux pump subunit AcrB
B: DARPIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)402,16524
ポリマ－398,9336
非ポリマー3,23218
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area31670 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area133710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)226.609, 226.609, 226.609
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Multidrug efflux pump subunit AcrB / AcrAB-TolC multidrug efflux pump subunit AcrB / Acridine resistance protein B


分子量: 114660.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: acrB, acrE, b0462, JW0451 / プラスミド: PET24 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P31224
#2: タンパク質 DARPIN


分子量: 18317.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 遺伝子: ARTIFICIAL GENE / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): XL1 Blue

-
糖 , 1種, 1分子

#5: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 4種, 59分子

#3: 化合物 ChemComp-D10 / DECANE / デカン


分子量: 142.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.03 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 5.5 and 12% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→46.26 Å / Num. obs: 45123 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 105.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.195 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.196 / Net I/σ(I): 28.8 / Num. measured all: 4769509 / Scaling rejects: 1447
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.85-2.951062.0224.343910.9530.1972.031100
11.04-46.2699.40.03982610.0040.0498.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0253精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JMN

5jmn


解像度: 2.85→46.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / WRfactor Rfree: 0.2654 / WRfactor Rwork: 0.2227 / FOM work R set: 0.7941 / SU B: 31.139 / SU ML: 0.276 / SU R Cruickshank DPI: 0.8139 / SU Rfree: 0.3578 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.814 / ESU R Free: 0.358 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2654 2320 5.1 %RANDOM
Rwork0.2227 ---
obs0.2248 42780 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 147.04 Å2 / Biso mean: 74.941 Å2 / Biso min: 19.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.85→46.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9079 0 73 56 9208
Biso mean--94.99 54.29 -
残基数----1196
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0139351
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0178966
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1741.63512682
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0531.57320750
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.05851200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.74923.143420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.272151561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6331544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0340.21257
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0210410
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021866
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.924 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 154 -
Rwork0.313 3116 -
all-3270 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3450.28110.32950.53860.43820.6276-0.10160.25720.0278-0.31170.04010.1549-0.0693-0.02850.06160.3604-0.0804-0.0580.4349-0.03280.2261-40.512-32.499-67.205
23.88690.05850.12493.2037-1.2895.91270.06960.7598-0.1915-0.58920.0568-0.05680.42010.1673-0.12650.1833-0.05870.07080.2512-0.05870.20177.182-15.567-56.246
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 1040
2X-RAY DIFFRACTION1A1101 - 1104
3X-RAY DIFFRACTION2B11 - 166
4X-RAY DIFFRACTION2A1105
5X-RAY DIFFRACTION2B301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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