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タイトルAllosteric drug transport mechanism of multidrug transporter AcrB.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 12, Page 3889-3889, Year 2021
掲載日2020年7月7日 (構造データの登録日)
著者Tam, H.K. / Foong, W.E. / Oswald, C. / Herrmann, A. / Zeng, H. / Pos, K.M.
リンクNat Commun / PubMed:34188038
手法X線回折
解像度2.35 - 3.3 Å
構造データ

PDB-6zo5:
Fusidic acid binding to the TM1/TM2 groove of AcrB-G619P_G621P
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-6zo6:
Minocycline binding to the deep binding pocket of AcrB-G619P
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.35 Å

PDB-6zo7:
3-Formylrifamycin SV binding to the access pocket of AcrB-G619P L and T protomer
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.85 Å

PDB-6zo8:
Minocycline binding to the deep binding pocket of AcrB-G621P
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-6zo9:
Binding of two rifabutins to the access pocket of AcrB-G621P T protomer
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.7 Å

PDB-6zoa:
Partially induced AcrB T protomer and DDM binding to the TM8/PC2 pathway of AcrB L2 protomer
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.05 Å

PDB-6zob:
3-Formylrifamycin SV binding to the access pocket of AcrB L protomer
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

PDB-6zoc:
Erythromycin binding to the access pocket of AcrB-G616P L protomer and 3-formylrifamycin SV binding to the access pocket of AcrB-G616P T protomer
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.89 Å

PDB-6zod:
Fusidic acid binding to the allosteric deep transmembrane domain binding pocket, TM7/TM8 groove, and TM1/TM2 groove of the fully induced AcrB T protomer
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.85 Å

PDB-6zoe:
AcrB-F563A symmetric T protomer
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.85 Å

PDB-6zof:
Fusidic acid binding to the TM7/TM8 groove of AcrB-F380A T protomer
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.3 Å

PDB-6zog:
Minocycline binding to the deep binding pocket of AcrB-I38F_I671T
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.75 Å

PDB-6zoh:
3-Formylrifamycin SV binding to the access pocket of AcrB-G619P_G621P L and T protomers
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

化合物

ChemComp-XPE:
3,6,9,12,15,18,21,24,27-NONAOXANONACOSANE-1,29-DIOL / デカエチレングリコ-ル / 沈殿剤*YM / ポリエチレングリコール

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

ChemComp-D12:
DODECANE / ドデカン / ドデカン

ChemComp-D10:
DECANE / デカン / デカン

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル / グリセリン

ChemComp-HEX:
HEXANE / ヘキサン / ヘキサン

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール

ChemComp-DDR:
(2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl didecanoate / 1-O,2-O-ジデカノイル-L-グリセロ-ル

ChemComp-FUA:
FUSIDIC ACID / フシジン酸 / 抗生剤, Antimicrobial*YM / フシジン酸

ChemComp-C14:
TETRADECANE / テトラデカン / テトラデカン

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩

ChemComp-LPX:
(2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-hydroxypropyl hexadecanoate / ヘキサデカン酸(S)-3-[(2-アミノエトキシホスホニル)オキシ]-2-ヒドロキシプロピル

ChemComp-PGE:
TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM / ホスファチジルエタノールアミン

ChemComp-OCT:
N-OCTANE / オクタン / オクタン

ChemComp-HOH:
WATER /

ChemComp-DDQ:
DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE / デシルジメチルアミンオキシド

ChemComp-MIY:
(4S,4AS,5AR,12AS)-4,7-BIS(DIMETHYLAMINO)-3,10,12,12A-TETRAHYDROXY-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2- / ミノサイクリン / 薬剤, 抗生剤*YM / ミノサイクリン

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド / 塩化物

ChemComp-MYS:
PENTADECANE / ペンタデカン / ペンタデカン

ChemComp-PG4:
TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / 沈殿剤*YM / ポリエチレングリコール

ChemComp-8K6:
Octadecane / オクタデカン / オクタデカン

ChemComp-R16:
HEXADECANE / ヘキサデカン / ヘキサデカン

ChemComp-1PE:
PENTAETHYLENE GLYCOL / ペンタエチレングリコ-ル / 沈殿剤*YM / ポリエチレングリコール

ChemComp-3YI:
(2S,12Z,14E,16S,17S,18R,19R,20R,21S,22R,23S,24E)-8-formyl-5,6,9,17,19-pentahydroxy-23-methoxy-2,4,12,16,18,20,22-heptam

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-LMU:
DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

ChemComp-RBT:
RIFABUTIN / リファブチン / 抗生剤, 抗レトロウイルス剤*YM / リファブチン

ChemComp-LNK:
PENTANE / ペンタン / ペンタン

ChemComp-ETE:
2-{2-[2-2-(METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / テトラエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル

ChemComp-ERY:
ERYTHROMYCIN A / エリスロマイシン / 抗生剤*YM / エリスロマイシン

由来
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
  • synthetic construct (人工物)
  • escherichia coli (strain k12) (大腸菌)
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Multidrug efflux pump / Membrane protein (膜タンパク質)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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