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タイトルStructural basis of transcription-translation coupling.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 369, Issue 6509, Page 1359-1365, Year 2020
掲載日2020年9月11日
著者Chengyuan Wang / Vadim Molodtsov / Emre Firlar / Jason T Kaelber / Gregor Blaha / Min Su / Richard H Ebright /
PubMed 要旨In bacteria, transcription and translation are coupled processes in which the movement of RNA polymerase (RNAP)-synthesizing messenger RNA (mRNA) is coordinated with the movement of the first ...In bacteria, transcription and translation are coupled processes in which the movement of RNA polymerase (RNAP)-synthesizing messenger RNA (mRNA) is coordinated with the movement of the first ribosome-translating mRNA. Coupling is modulated by the transcription factors NusG (which is thought to bridge RNAP and the ribosome) and NusA. Here, we report cryo-electron microscopy structures of transcription-translation complexes (TTCs) containing different-length mRNA spacers between RNAP and the ribosome active-center P site. Structures of TTCs containing short spacers show a state incompatible with NusG bridging and NusA binding (TTC-A, previously termed "expressome"). Structures of TTCs containing longer spacers reveal a new state compatible with NusG bridging and NusA binding (TTC-B) and reveal how NusG bridges and NusA binds. We propose that TTC-B mediates NusG- and NusA-dependent transcription-translation coupling.
リンクScience / PubMed:32820061 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 14.0 Å
構造データ

EMDB-21386, PDB-6vu3:
Cryo-EM structure of Escherichia coli transcription-translation complex A (TTC-A) containing mRNA with a 12 nt long spacer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-21468, PDB-6vyq:
Escherichia coli transcription-translation complex A1 (TTC-A1) containing an 15 nt long mRNA spacer, NusG, and fMet-tRNAs at E-site and P-site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-21469, PDB-6vyr:
Escherichia coli transcription-translation complex A1 (TTC-A1) containing an 18 nt long mRNA spacer, NusG, and fMet-tRNAs at E-site and P-site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-21470, PDB-6vys:
Escherichia coli transcription-translation complex A1 (TTC-A1) containing a 21 nt long mRNA spacer, NusG, and fMet-tRNAs at E-site and P-site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-21471, PDB-6vyt:
Escherichia coli transcription-translation complex A2 (TTC-A2) containing a 15 nt long mRNA spacer, NusG, and fMet-tRNAs at P-site and E-site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 14.0 Å

EMDB-21472, PDB-6vyu:
Escherichia coli transcription-translation complex C2 (TTC-C2) containing a 27 nt long mRNA spacer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.0 Å

EMDB-21474, PDB-6vyw:
Escherichia coli transcription-translation complex C3 (TTC-C3) containing mRNA with a 27 nt long spacer, NusG, and fMet-tRNAs at E-site and P-site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.0 Å

EMDB-21475, PDB-6vyx:
Escherichia coli transcription-translation complex C4 (TTC-C4) containing mRNA with a 21 nt long spacer, transcription factor NusG, and fMet-tRNAs at P-site and E-site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.9 Å

EMDB-21476, PDB-6vyy:
Escherichia coli transcription-translation complex C5 (TTC-C5) containing mRNA with a 21 nt long spacer, NusG, and fMet-tRNAs at E-site and P-site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.9 Å

EMDB-21477, PDB-6vyz:
Escherichia coli transcription-translation complex C6 (TTC-C6) containing mRNA with a 21 nt long spacer, NusA, and fMet-tRNAs at E-site and P-site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.9 Å

EMDB-21482, PDB-6vz2:
Escherichia coli transcription-translation complex D1 (TTC-D1) containing mRNA with a 27 nt long spacer, NusG, and fMet-tRNAs at E-site and P-site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.0 Å

EMDB-21483, PDB-6vz3:
Escherichia coli transcription-translation complex D2 (TTC-D2) containing mRNA with a 27 nt long spacer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.9 Å

EMDB-21485, PDB-6vz5:
Escherichia coli transcription-translation complex D3 (TTC-D3) containing mRNA with a 21 nt long spacer, NusG, and fMet-tRNAs at E-site and P-site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.9 Å

EMDB-21486, PDB-6vz7:
Escherichia coli transcription-translation complex C1 (TTC-C1) containing a 27 nt long mRNA spacer, NusG, and fMet-tRNAs at P-site and E-site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.0 Å

EMDB-21494, PDB-6vzj:
Escherichia coli transcription-translation complex A1 (TTC-A1) containing mRNA with a 15 nt long spacer, fMet-tRNAs at E-site and P-site, and lacking transcription factor NusG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-22082, PDB-6x6t:
Cryo-EM structure of an Escherichia coli coupled transcription-translation complex B1 (TTC-B1) containing an mRNA with a 24 nt long spacer, transcription factors NusA and NusG, and fMet-tRNAs at P-site and E-site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-22084, PDB-6x7f:
Cryo-EM structure of an Escherichia coli coupled transcription-translation complex B2 (TTC-B2) containing an mRNA with a 24 nt long spacer, transcription factors NusA and NusG, and fMet-tRNAs at P-site and E-site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-22087, PDB-6x7k:
Cryo-EM structure of an Escherichia coli coupled transcription-translation complex B3 (TTC-B3) containing an mRNA with a 24 nt long spacer, transcription factors NusA and NusG, and fMet-tRNAs at P-site and E-site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-22107, PDB-6x9q:
Cryo-EM structure of an Escherichia coli coupled transcription-translation complex B3 (TTC-B3) containing an mRNA with a 27 nt long spacer, transcription factors NusA and NusG, and fMet-tRNAs at P-site and E-site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

EMDB-22141, PDB-6xdq:
Cryo-EM structure of an Escherichia coli coupled transcription-translation complex B3 (TTC-B3) containing an mRNA with a 30 nt long spacer, transcription factors NusA and NusG, and fMet-tRNAs at P-site and E-site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-22142, PDB-6xdr:
Escherichia coli transcription-translation complex B (TTC-B) containing an 27 nt long mRNA spacer, NusG, and fMet-tRNAs at E-site and P-site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

EMDB-22181, PDB-6xgf:
Escherichia coli transcription-translation complex B (TTC-B) containing an 30 nt long mRNA spacer, NusG, and fMet-tRNAs at E-site and P-site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.0 Å

EMDB-22192, PDB-6xii:
Escherichia coli transcription-translation complex B (TTC-B) containing an 24 nt long mRNA spacer, NusG, and fMet-tRNAs at E-site and P-site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.0 Å

EMDB-22193, PDB-6xij:
Escherichia coli transcription-translation complex A (TTC-A) containing an 24 nt long mRNA spacer, NusG, and fMet-tRNAs at E-site and P-site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.0 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
  • synthetic construct (人工物)
  • Escherichia coli
キーワードRIBOSOME / TRANSCRIPTION/TRANSLATION / bacterial coupled transcription-translation complex / TRANSCRIPTION-TRANSLATION complex / Bacterial transcription-translation complex / TRANSCRIPTION / Bacterial transcription-translation coupled complex / Ribosome/transcription/translation / Ribosome-transcription-translation complex / coupled transcription-translation complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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