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タイトルConservative transcription in three steps visualized in a double-stranded RNA virus.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 26, Issue 11, Page 1023-1034, Year 2019
掲載日2019年11月6日
著者Yanxiang Cui / Yinong Zhang / Kang Zhou / Jingchen Sun / Z Hong Zhou /
PubMed 要旨Endogenous RNA transcription characterizes double-stranded RNA (dsRNA) viruses in the Reoviridae, a family that is exemplified by its simple, single-shelled member cytoplasmic polyhedrosis virus (CPV) ...Endogenous RNA transcription characterizes double-stranded RNA (dsRNA) viruses in the Reoviridae, a family that is exemplified by its simple, single-shelled member cytoplasmic polyhedrosis virus (CPV). Because of the lack of in situ structures of the intermediate stages of RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) during transcription, it is poorly understood how RdRp detects environmental cues and internal transcriptional states to initiate and coordinate repeated cycles of transcript production inside the capsid. Here, we captured five high-resolution (2.8-3.5 Å) RdRp-RNA in situ structures-representing quiescent, initiation, early elongation, elongation and abortive states-under seven experimental conditions of CPV. We observed the 'Y'-form initial RNA fork in the initiation state and the complete transcription bubble in the elongation state. These structures reveal that de novo RNA transcription involves three major conformational changes during state transitions. Our results support an ouroboros model for endogenous conservative transcription in dsRNA viruses.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:31695188 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.8 - 4.1 Å
構造データ

EMDB-20581, PDB-6ty8:
In situ structure of BmCPV RNA dependent RNA polymerase at quiescent state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-20582, PDB-6ty9:
In situ structure of BmCPV RNA dependent RNA polymerase at initiation state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-20585, PDB-6tz0:
In situ structure of BmCPV RNA-dependent RNA polymerase at abortive state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-20586, PDB-6tz1:
In situ structure of BmCPV RNA-dependent RNA polymerase at early-elongation state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-20587, PDB-6tz2:
In situ structure of BmCPV RNA-dependent RNA polymerase at elongation state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-20595:
BmCPV virion
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-20596:
BmCPV virion with SAM
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-20597:
BmCPV virion with SAM and GTP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-20598:
BmCPV virion with SAM and ATP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-20599:
BmCPV virion with SAM, GTP, and ATP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-20600:
BmCPV virion with SAM, GTP, ATP, and UTP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-20601:
BmCPV virion with SAM, GTP, ATP, UTP, and CTP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

化合物

ChemComp-GTA:
P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE / 7-メチルグアノシン-7-イウム5′-三りん酸Oγ-(5′-アデノシル)

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-UTP:
URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP / UTP*YM

由来
  • bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / TRANSFERASE / RdRp / TRANSFERASE/RNA / RdRp-RNA complex / Initiation / Unwinding / Cap-binding / TRANSFERASE-RNA complex / Early-elongation / Elongation / Transcription Bubble

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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