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タイトルA Structure-Based Model for the Complete Transcription Cycle of Influenza Polymerase.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 181, Issue 4, Page 877-893.e21, Year 2020
掲載日2020年5月14日
著者Joanna M Wandzik / Tomas Kouba / Manikandan Karuppasamy / Alexander Pflug / Petra Drncova / Jan Provaznik / Nayara Azevedo / Stephen Cusack /
PubMed 要旨Influenza polymerase uses unique mechanisms to synthesize capped and polyadenylated mRNAs from the genomic viral RNA (vRNA) template, which is packaged inside ribonucleoprotein particles (vRNPs). ...Influenza polymerase uses unique mechanisms to synthesize capped and polyadenylated mRNAs from the genomic viral RNA (vRNA) template, which is packaged inside ribonucleoprotein particles (vRNPs). Here, we visualize by cryoelectron microscopy the conformational dynamics of the polymerase during the complete transcription cycle from pre-initiation to termination, focusing on the template trajectory. After exiting the active site cavity, the template 3' extremity rebinds into a specific site on the polymerase surface. Here, it remains sequestered during all subsequent transcription steps, forcing the template to loop out as it further translocates. At termination, the strained connection between the bound template 5' end and the active site results in polyadenylation by stuttering at uridine 17. Upon product dissociation, further conformational changes release the trapped template, allowing recycling back into the pre-initiation state. Influenza polymerase thus performs transcription while tightly binding to and protecting both template ends, allowing efficient production of multiple mRNAs from a single vRNP.
リンクCell / PubMed:32304664
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.41 - 3.52 Å
構造データ

EMDB-10354, PDB-6szu:
Bat Influenza A polymerase pre-termination complex with pyrophosphate using 44-mer vRNA template with mutated oligo(U) sequence
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.41 Å

EMDB-10355, PDB-6szv:
Bat Influenza A polymerase elongation complex with incoming UTP analogue (core + endonuclease only)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

EMDB-10356, PDB-6t0n:
Bat Influenza A polymerase pre-initiation complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.54 Å

EMDB-10357, PDB-6t0r:
Bat Influenza A polymerase product dissociation complex using 44-mer vRNA template with mutated oligo(U) sequence
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.82 Å

EMDB-10358, PDB-6t0s:
Bat Influenza A polymerase stuttering complex using 44-mer vRNA template with intact oligo(U) sequence
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.04 Å

EMDB-10359, PDB-6t0u:
Bat Influenza A polymerase product dissociation complex using 44-mer vRNA template with intact oligo(U) sequence
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.12 Å

EMDB-10360, PDB-6t0v:
Bat Influenza A polymerase elongation complex with incoming UTP analogue (complete polymerase)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.02 Å

EMDB-10361, PDB-6t0w:
Human Influenza B polymerase recycling complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.18 Å

EMDB-10368, PDB-6t2c:
Bat Influenza A polymerase recycling complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.52 Å

EMDB-10603, PDB-6tw1:
Bat Influenza A polymerase termination complex with pyrophosphate using 44-mer vRNA template with mutated oligo(U) sequence
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

PDB-6tu5:
Influenza A/H7N9 polymerase core (apo)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.325 Å

化合物

ChemComp-M4H:
5-oxidanyl-4-oxidanylidene-1-[(1-pyrrolo[2,3-b]pyridin-1-ylcyclopentyl)methyl]pyridine-3-carboxylic acid / 1,4-ジヒドロ-5-ヒドロキシ-1-[1-(1H-ピロロ[2,3-b]ピリジン-1-イル)シクロペンタン-1-イルメ(以下略)

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-POP:
PYROPHOSPHATE 2-

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-2KH:
5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]uridine

由来
  • influenza a virus (a/little yellow-shouldered bat/guatemala/060/2010(h17n10)) (A型インフルエンザウイルス)
  • influenza b virus (B型インフルエンザウイルス)
  • synthetic construct (人工物)
  • influenza a virus (a/zhejiang/dtid-zju01/2013(h7n9)) (A型インフルエンザウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / Influenza / polymerase / viral transcription / RNA / RNA-dependent RNA polymerase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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