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タイトルStructure of a minimal photosystem I from the green alga Dunaliella salina.
ジャーナル・号・ページNat Plants, Vol. 6, Issue 3, Page 321-327, Year 2020
掲載日2020年3月2日
著者Annemarie Perez-Boerema / Daniel Klaiman / Ido Caspy / Sigal Y Netzer-El / Alexey Amunts / Nathan Nelson /
PubMed 要旨Solar energy harnessed by oxygenic photosynthesis supports most of the life forms on Earth. In eukaryotes, photosynthesis occurs in chloroplasts and is achieved by membrane-embedded macromolecular ...Solar energy harnessed by oxygenic photosynthesis supports most of the life forms on Earth. In eukaryotes, photosynthesis occurs in chloroplasts and is achieved by membrane-embedded macromolecular complexes that contain core and peripheral antennae with multiple pigments. The structure of photosystem I (PSI) comprises the core and light-harvesting (LHCI) complexes, which together form PSI-LHCI. Here we determined the structure of PSI-LHCI from the salt-tolerant green alga Dunaliella salina using X-ray crystallography and electron cryo-microscopy. Our results reveal a previously undescribed configuration of the PSI core. It is composed of only 7 subunits, compared with 14-16 subunits in plants and the alga Chlamydomonas reinhardtii, and forms the smallest known PSI. The LHCI is poorly conserved at the sequence level and binds to pigments that form new energy pathways, and the interactions between the individual Lhca1-4 proteins are weakened. Overall, the data indicate the PSI of D. salina represents a different type of the molecular organization that provides important information for reconstructing the plasticity and evolution of PSI.
リンクNat Plants / PubMed:32123351
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度3.2 - 3.4 Å
構造データ

4883

6rhz

EMDB-4883, PDB-6rhz:
Structure of a minimal photosystem I from a green alga
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

PDB-6qph:
Dunaliella minimal PSI complex
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.4 Å

化合物

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / 13-cis-ビオラキサンチン

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

ChemComp-CAC:
CACODYLATE ION / ジメチルアルシン酸アニオン

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

ChemComp-GSH:
GLUTATHIONE / グルタチオン

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

由来
  • dunaliella salina (しおひげむし)
  • Green alga (しおひげむし)
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Photosystem I / Dunaliella / Electron Transport / green algae

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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