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タイトルThe structure of a membrane adenylyl cyclase bound to an activated stimulatory G protein.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 364, Issue 6438, Page 389-394, Year 2019
掲載日2019年4月26日
著者Chao Qi / Simona Sorrentino / Ohad Medalia / Volodymyr M Korkhov /
PubMed 要旨Membrane-integral adenylyl cyclases (ACs) are key enzymes in mammalian heterotrimeric GTP-binding protein (G protein)-dependent signal transduction, which is important in many cellular processes. ...Membrane-integral adenylyl cyclases (ACs) are key enzymes in mammalian heterotrimeric GTP-binding protein (G protein)-dependent signal transduction, which is important in many cellular processes. Signals received by the G protein-coupled receptors are conveyed to ACs through G proteins to modulate the levels of cellular cyclic adenosine monophosphate (cAMP). Here, we describe the cryo-electron microscopy structure of the bovine membrane AC9 bound to an activated G protein αs subunit at 3.4-angstrom resolution. The structure reveals the organization of the membrane domain and helical domain that spans between the membrane and catalytic domains of AC9. The carboxyl-terminal extension of the catalytic domain occludes both the catalytic and the allosteric sites of AC9, inducing a conformation distinct from the substrate- and activator-bound state, suggesting a regulatory role in cAMP production.
リンクScience / PubMed:31023924
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 4.2 Å
構造データ

EMDB-4719, PDB-6r3q:
The structure of a membrane adenylyl cyclase bound to an activated stimulatory G protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-4721: Structure of a truncated adenylyl cyclase bound to MANT-GTP, forskolin and an activatedstimulatory Galphas protein
PDB-6r4o: Structure of a truncated adenylyl cyclase bound to MANT-GTP, forskolin and an activated stimulatory Galphas protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-4722: Structure of a soluble domain of adenylyl cyclase bound to an activatedstimulatory G protein
PDB-6r4p: Structure of a soluble domain of adenylyl cyclase bound to an activated stimulatory G protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-4723:
Soluble domain of membrane adenylyl cyclase bound to an activated stimulatory G protein, in the presence of MANT-GTP (SOL-M)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-4724:
Structure of a membrane adenylyl cyclase bound to an activated stimulatory G protein (SOL-C map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-4725:
Structure of a membrane adenylyl cyclase bound to an activated stimulatory G protein (AC9-Gas-TM)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-4726:
The membrane portion of a membrane adenylyl cyclase bound to an activated stimulatory G protein (TM)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

化合物

ChemComp-GSP:
5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ONM:
3'-O-(N-METHYLANTHRANILOYL)-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 3′-O-(N-メチルアントラニロイル)GTP

ChemComp-FOK:
FORSKOLIN / ホルスコリン

ChemComp-MN:
Unknown entry

由来
  • bos taurus (ウシ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / adenylyl cyclase / G protein / occluded state / MANT-GTP / forskolin

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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