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Structure paper

タイトルStepwise activation mechanism of the scramblase nhTMEM16 revealed by cryo-EM.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 8, Year 2019
掲載日2019年2月21日
著者Valeria Kalienkova / Vanessa Clerico Mosina / Laura Bryner / Gert T Oostergetel / Raimund Dutzler / Cristina Paulino /
PubMed 要旨Scramblases catalyze the movement of lipids between both leaflets of a bilayer. Whereas the X-ray structure of the protein nhTMEM16 has previously revealed the architecture of a Ca-dependent lipid ...Scramblases catalyze the movement of lipids between both leaflets of a bilayer. Whereas the X-ray structure of the protein nhTMEM16 has previously revealed the architecture of a Ca-dependent lipid scramblase, its regulation mechanism has remained elusive. Here, we have used cryo-electron microscopy and functional assays to address this question. Ca-bound and Ca-free conformations of nhTMEM16 in detergent and lipid nanodiscs illustrate the interactions with its environment and they reveal the conformational changes underlying its activation. In this process, Ca binding induces a stepwise transition of the catalytic subunit cavity, converting a closed cavity that is shielded from the membrane in the absence of ligand, into a polar furrow that becomes accessible to lipid headgroups in the Ca-bound state. Additionally, our structures demonstrate how nhTMEM16 distorts the membrane at both entrances of the subunit cavity, thereby decreasing the energy barrier for lipid movement.
リンクElife / PubMed:30785398 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.6 - 3.8 Å
構造データ

4587

6qm4

EMDB-4587, PDB-6qm4:
Cryo-EM structure of calcium-free nhTMEM16 lipid scramblase in nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

4588

6qm5

EMDB-4588, PDB-6qm5:
Cryo-EM structure of calcium-bound nhTMEM16 lipid scramblase in DDM
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

4589

6qm6

EMDB-4589, PDB-6qm6:
Cryo-EM structure of calcium-free nhTMEM16 lipid scramblase in DDM
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

4592

6qm9

EMDB-4592, PDB-6qm9:
Cryo-EM structure of calcium-bound nhTMEM16 lipid scramblase in nanodisc (open state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

4593

6qma

EMDB-4593, PDB-6qma:
Cryo-EM structure of calcium-bound nhTMEM16 lipid scramblase in nanodisc (intermediate state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

4594

6qmb

EMDB-4594, PDB-6qmb:
Cryo-EM structure of calcium-bound nhTMEM16 lipid scramblase in nanodisc (closed state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

由来
  • Nectria haematococca mpVI 77-13-4 (菌類)
  • nectria haematococca (菌類)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / lipid scrambles / TMEM16

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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