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タイトルStructural Basis of Protection against H7N9 Influenza Virus by Human Anti-N9 Neuraminidase Antibodies.
ジャーナル・号・ページCell Host Microbe, Vol. 26, Issue 6, Page 729-738.e4, Year 2019
掲載日2019年12月11日
著者Xueyong Zhu / Hannah L Turner / Shanshan Lang / Ryan McBride / Sandhya Bangaru / Iuliia M Gilchuk / Wenli Yu / James C Paulson / James E Crowe / Andrew B Ward / Ian A Wilson /
PubMed 要旨Influenza virus neuraminidase (NA) is a major target for small-molecule antiviral drugs. Antibodies targeting the NA surface antigen could also inhibit virus entry and egress to provide host ...Influenza virus neuraminidase (NA) is a major target for small-molecule antiviral drugs. Antibodies targeting the NA surface antigen could also inhibit virus entry and egress to provide host protection. However, our understanding of the nature and range of target epitopes is limited because of a lack of human antibody structures with influenza neuraminidase. Here, we describe crystal and cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of NAs from human-infecting avian H7N9 viruses in complex with five human anti-N9 antibodies, systematically defining several antigenic sites and antibody epitope footprints. These antibodies either fully or partially block the NA active site or bind to epitopes distant from the active site while still showing neuraminidase inhibition. The inhibition of antibodies to NAs was further analyzed by glycan array and solution-based NA activity assays. Together, these structural studies provide insights into protection by anti-NA antibodies and templates for the development of NA-based influenza virus vaccines and therapeutics.
リンクCell Host Microbe / PubMed:31757767 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.12 - 3.6 Å
構造データ

20538

6pzw

EMDB-20538: CryoEM map of NA-22 Fab in complex with N9 Shangahi2
PDB-6pzw: CryoEM derived model of NA-22 Fab in complex with N9 Shanghai2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

20540

6pzy

EMDB-20540: CryoEM map of NA-73 Fab in complex with N9 Shanghai2
PDB-6pzy: CryoEM derived model of NA-73 Fab in complex with N9 Shanghai2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.17 Å

20541

6pzz

EMDB-20541: CryoEM map of NA-80 Fab in complex with N9 Shangahi2
PDB-6pzz: CryoEM derived model of NA-80 Fab in complex with N9 Shanghai2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

20594

6u02

EMDB-20594, PDB-6u02:
CryoEM-derived model of NA-63 Fab in complex with N9 Shanghai2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.05 Å

PDB-6pzd:
Crystal structure of the neuraminidase stabilization mutant Y169aH from A/Shanghai/2/2013 (H7N9)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.12 Å

PDB-6pze:
Crystal structure of human NA-45 Fab in complex with neuraminidase Y169aH mutant from A/Shanghai/2/2013 (H7N9)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-6pzf:
Crystal structure of human NA-63 Fab in complex with neuraminidase from A/Hunan/02650/2016(H7N9)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

PDB-6pzg:
Crystal structure of human NA-80 Fab
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.59 Å

PDB-6pzh:
Crystal structure of human NA-22 Fab
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

化合物

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

ChemComp-MES:
2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / pH緩衝剤*YM

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

由来
  • influenza a virus (a/environment/shanghai/s1439/2013(h7n9)) (A型インフルエンザウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
  • influenza a virus (a/shanghai/02/2013(h7n9)) (A型インフルエンザウイルス)
  • influenza a virus (a/hunan/02650/2016(h7n9) (A型インフルエンザウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / antibody / inhibition mechanism / IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Neuraminidase / Sh2 / N9Shanghai / N9Sh2 / Fab / NA-22 / Influenza / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / H7N9 / NA-73 / NA-80 / NA-63

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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