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タイトルPPAR alpha Ligand-Binding Domain Structures with Endogenous Fatty Acids and Fibrates.
ジャーナル・号・ページIscience, Vol. 23, Page 101727-101727, Year 2020
掲載日2019年6月24日 (構造データの登録日)
著者Kamata, S. / Oyama, T. / Saito, K. / Honda, A. / Yamamoto, Y. / Suda, K. / Ishikawa, R. / Itoh, T. / Watanabe, Y. / Shibata, T. ...Kamata, S. / Oyama, T. / Saito, K. / Honda, A. / Yamamoto, Y. / Suda, K. / Ishikawa, R. / Itoh, T. / Watanabe, Y. / Shibata, T. / Uchida, K. / Suematsu, M. / Ishii, I.
リンクIscience / PubMed:33205029
手法X線回折
解像度1.23 - 3.301 Å
構造データ

PDB-6kax:
X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-intrinsic fatty acid (E. coli origin) co-crystals obtained by cross-seeding
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.23 Å

PDB-6kay:
X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-GW7647 co-crystals obtained by soaking
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.735 Å

PDB-6kaz:
X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-pemafibrate co-crystals obtained by soaking
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.48 Å

PDB-6kb0:
X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-5,8,11,14-eicosatetraynoic acid (ETYA) co-crystals obtained by soaking
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.35 Å

PDB-6kb1:
X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-tetradecylthioacetic acid (TTA) co-crystals obtained by soaking
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.25 Å

PDB-6kb2:
X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-Wy14643 co-crystals obtained by soaking
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-6kb3:
X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-GW7647 co-crystals obtained by delipidation and cross-seeding
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.45 Å

PDB-6kb4:
X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-pemafibrate co-crystals obtained by delipidation and cross-seeding
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.42 Å

PDB-6kb5:
X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-5,8,11,14-eicosatetraynoic Acid (ETYA) co-crystals obtained by delipidation and cross-seeding
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-6kb6:
X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-tetradecylthioacetic acid (TTA) co-crystals obtained by delipidation and cross-seeding
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.431 Å

PDB-6kb7:
X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-Wy14643 co-crystals obtained by delipidation and cross-seeding
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.14 Å

PDB-6kb8:
X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-GW7647 co-crystals obtained by cross-seeding
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.47 Å

PDB-6kb9:
X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-pemafibrate co-crystals obtained by cross-seeding
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å

PDB-6kba:
X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-Wy14643 co-crystals obtained by co-crystallization
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.82 Å

PDB-6kyp:
X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-GW9662-clofibric acid co-crystals obtained by delipidation and co-crystallization
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.86 Å

PDB-6l36:
X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-GW9662-fenofibric acid co-crystals obtained by delipidation and co-crystallization
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.301 Å

PDB-6l37:
X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-GW9662-ciprofibrate co-crystals obtained by delipidation and co-crystallization
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.91 Å

PDB-6l38:
X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-GW9662-gemfibrozil co-crystals obtained by delipidation and co-crystallization
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.761 Å

PDB-6lx4:
X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-fenofibric acid co-crystals obtained by delipidation and co-crystallization
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.13 Å

PDB-6lx5:
X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-ciprofibrate co-crystals obtained by delipidation and co-crystallization
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.87 Å

PDB-6lx6:
X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-palmitic acid co-crystals obtained by delipidation and cross-seeding
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å

PDB-6lx7:
X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-stearic acid co-crystals obtained by delipidation and cross-seeding
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.41 Å

PDB-6lx8:
X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-oleic acid co-crystals obtained by delipidation and cross-seeding
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.54 Å

PDB-6lx9:
X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-arachidonic acid co-crystals obtained by delipidation and cross-seeding
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-6lxa:
X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-eicosapentaenoic acid (EPA) co-crystals obtained by delipidation and cross-seeding
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.23 Å

PDB-6lxb:
X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-saroglitazar co-crystals obtained by soaking
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.36 Å

PDB-6lxc:
X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-saroglitazar co-crystals obtained by delipidation and cross-seeding
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.03 Å

PDB-7bpy:
X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-clofibric acid-SRC1 coactivator peptide co-crystals obtained by delipidation and co-crystallization
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.09 Å

PDB-7bpz:
X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-bezafibrate-SRC1 coactivator peptide co-crystals obtained by soaking
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.43 Å

PDB-7bq0:
X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-fenofibric acid-SRC1 coactivator peptide co-crystals obtained by delipidation and co-crystallization
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.771 Å

PDB-7bq1:
X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-intrinsic fatty acid (E. coli origin)-SRC1 coactivator peptide co-crystals obtained by co-crystallization
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.521 Å

PDB-7bq2:
X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-pemafibrate-SRC1 coactivator peptide co-crystals obtained by soaking
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.52 Å

PDB-7bq3:
X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-GW7647-SRC1 coactivator peptide co-crystals obtained by delipidation and co-crystallization
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.98 Å

PDB-7bq4:
X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-eicosapentaenoic acid (EPA)-SRC1 coactivator peptide co-crystals obtained by delipidation and co-crystallization
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.62 Å

化合物

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-2VN:
2-[(4-{2-[(4-cyclohexylbutyl)(cyclohexylcarbamoyl)amino]ethyl}phenyl)sulfanyl]-2-methylpropanoic acid / GW-7647

ChemComp-P7F:
(2~{R})-2-[3-[[1,3-benzoxazol-2-yl-[3-(4-methoxyphenoxy)propyl]amino]methyl]phenoxy]butanoic acid / K-877 / アゴニスト*YM

ChemComp-ITY:
icosa-5,8,11,14-tetraynoic acid / ETYA

ChemComp-T4T:
2-tetradecylsulfanylethanoic acid / テトラデシルチオ酢酸 / アゴニスト*YM

ChemComp-WY1:
2-({4-CHLORO-6-[(2,3-DIMETHYLPHENYL)AMINO]PYRIMIDIN-2-YL}SULFANYL)ACETIC ACID / Wy-14643 / アゴニスト*YM

ChemComp-GW9:
2-chloro-5-nitro-N-phenylbenzamide

ChemComp-E0O:
2-(4-chloranylphenoxy)-2-methyl-propanoic acid / クロフィブル酸

ChemComp-F5A:
2-[4-(4-chlorobenzene-1-carbonyl)phenoxy]-2-methylpropanoic acid / フェノフィブリン酸 / 薬剤*YM

ChemComp-C5F:
2-{4-[(1S)-2,2-dichlorocyclopropyl]phenoxy}-2-methylpropanoic acid / 2-[4-[(S)-2,2-ジクロロシクロプロピル]フェノキシ]-2-メチルプロパン酸

ChemComp-STE:
STEARIC ACID / ステアリン酸

ChemComp-OLA:
OLEIC ACID / オレイン酸

ChemComp-ACD:
ARACHIDONIC ACID / アラキドン酸

ChemComp-EPA:
5,8,11,14,17-EICOSAPENTAENOIC ACID / エイコサペンタエン酸 / 薬剤*YM

ChemComp-EWR:
(2S)-2-ethoxy-3-[4-[2-[2-methyl-5-(4-methylsulfanylphenyl)pyrrol-1-yl]ethoxy]phenyl]propanoic acid

ChemComp-PEM:
2-[P-[2-P-CHLOROBENZAMIDO)ETHYL]PHENOXY]-2-METHYLPROPIONIC ACID / ベザフィブラ-ト

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSCRIPTION / Nuclear receptor / Protein-ligand complex / PPAR

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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