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タイトルMechanism of DNA translocation underlying chromatin remodelling by Snf2.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 567, Issue 7748, Page 409-413, Year 2019
掲載日2019年3月13日
著者Meijing Li / Xian Xia / Yuanyuan Tian / Qi Jia / Xiaoyu Liu / Ying Lu / Ming Li / Xueming Li / Zhucheng Chen /
PubMed 要旨Chromatin remodellers include diverse enzymes with distinct biological functions, but nucleosome-sliding activity appears to be a common theme. Among the remodelling enzymes, Snf2 serves as the ...Chromatin remodellers include diverse enzymes with distinct biological functions, but nucleosome-sliding activity appears to be a common theme. Among the remodelling enzymes, Snf2 serves as the prototype to study the action of this protein family. Snf2 and related enzymes share two conserved RecA-like lobes, which by themselves are able to couple ATP hydrolysis to chromatin remodelling. The mechanism by which these enzymes couple ATP hydrolysis to translocate the nucleosome along the DNA remains unclear. Here we report the structures of Saccharomyces cerevisiae Snf2 bound to the nucleosome in the presence of ADP and ADP-BeF. Snf2 in the ADP-bound state adopts an open conformation similar to that in the apo state, and induces a one-base-pair DNA bulge at superhelix location 2 (SHL2), with the tracking strand showing greater distortion than the guide strand. The DNA distortion propagates to the proximal end, leading to staggered translocation of the two strands. The binding of ADP-BeF triggers a closed conformation of the enzyme, resetting the nucleosome to a relaxed state. Snf2 shows altered interactions with the DNA in different nucleotide states, providing the structural basis for DNA translocation. Together, our findings suggest a fundamental mechanism for the DNA translocation that underlies chromatin remodelling.
リンクNature / PubMed:30867599
手法EM (単粒子)
解像度3.47 - 4.31 Å
構造データ

6879

5z3l

EMDB-6879, PDB-5z3l:
Structure of Snf2-nucleosome complex in apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.31 Å

6880

5z3o

EMDB-6880, PDB-5z3o:
Structure of Snf2-nucleosome complex in ADP state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.62 Å

6882

5z3u

EMDB-6882, PDB-5z3u:
Structure of Snf2-nucleosome complex at shl2 in ADP BeFx state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.31 Å

6883

5z3v

EMDB-6883, PDB-5z3v:
Structure of Snf2-nucleosome complex at shl-2 in ADP BeFx state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.22 Å

9748

6iy2

EMDB-9748, PDB-6iy2:
Structure of Snf2-MMTV-A nucleosome complex at shl2 in ADP state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.47 Å

9749

6iy3

EMDB-9749, PDB-6iy3:
Structure of Snf2-MMTV-A nucleosome complex at shl-2 in ADP state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.67 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

由来
  • xenopus laevis (アフリカツメガエル)
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • synthetic construct (人工物)
  • saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c) (パン酵母)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/HYDROLASE/DNA (構造) / complex / nucleosome (ヌクレオソーム) / chromatin remodeling (クロマチンリモデリング) / gene regulation (遺伝子発現の調節) / STRUCTURAL PROTEIN-HYDROLASE-DNA complex (構造) / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / NUCLEAR PROTEIN

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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