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タイトルCapabilities of the Falcon III detector for single-particle structure determination.
ジャーナル・号・ページUltramicroscopy, Vol. 203, Page 145-154, Year 2019
掲載日2019年1月28日
著者Boyuan Song / Julian Lenhart / Vanessa Judith Flegler / Cihan Makbul / Tim Rasmussen / Bettina Böttcher /
PubMed 要旨Direct electron detectors are an essential asset for the resolution revolution in electron cryo microscopy of biological objects. The direct detectors provide two modes of data acquisition; the ...Direct electron detectors are an essential asset for the resolution revolution in electron cryo microscopy of biological objects. The direct detectors provide two modes of data acquisition; the counting mode in which single electrons are counted, and the integrating mode in which the signal that arises from the incident electrons is integrated. While counting mode leads to far higher detective quantum efficiency at all spatial frequencies, the integrating mode enables faster data acquisition at higher exposure rates. For optimal throughput at best possible resolution it is important to understand when the better performance in counting mode becomes essential for solving a structure and when the lower detective quantum efficiency in integrating mode can be compensated by increasing the number of particles in the data set. Here, we provide a case study of the Falcon III camera, which has counting mode capability at exposure rates of <0.9 e/Px² and integrating mode capability at exposure rates above 10 e/Px². We found that counting mode gives better resolution for medium sized complexes such as the β-galactosidase (465 kDa) (2.2 Å, 97% of Nyquist vs. 2.4 Å, 89% of Nyquist) with data sets of similar size. However, for larger particles such as Hepatitis B virus capsid like particles (4.8 MDa) we did not find any resolution gain in counting mode.
リンクUltramicroscopy / PubMed:30738626
手法EM (らせん対称) / EM (単粒子)
解像度2.2 - 2.4 Å
構造データ

4413

6i5a

EMDB-4413, PDB-6i5a:
Tobacco Mosaic Virus
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.3 Å

EMDB-4414:
beta-galactosidase (integrating mode)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

EMDB-4415:
beta-galactosidase (counting mode)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.2 Å

EMDB-4416:
F97L counting mode
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.36 Å

EMDB-4417:
F97L integrating mode
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.38 Å

由来
  • tobacco mosaic virus (strain vulgare) (ウイルス)
  • Escherichia coli (大腸菌)
  • Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
キーワードVIRUS / TMV / helical virus / coat protein / plant pathogen

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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