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タイトルTransition state of phospho-enzyme hydrolysis in beta-phosphoglucomutase.
ジャーナル・号・ページTo Be Published
掲載日2018年8月3日 (構造データの登録日)
著者Robertson, A.J. / Bisson, C. / Waltho, J.P.
リンクPubMedで検索
手法X線回折
解像度1.15 - 2.03 Å
構造データ

PDB-6h8u:
Beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis in an open conformer to 1.9 A.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-6h8v:
Beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis in an open conformer in the P21 spacegroup to 1.8 A.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.84 Å

PDB-6h8w:
Beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis in an open conformer complexed with aluminium tetrafluoride to 1.9 A.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.98 Å

PDB-6h8x:
Beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis in an open conformer complexed with magnesium trifluoride to 1.8 A.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.83 Å

PDB-6h8y:
T16A variant of beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis in an open conformer complexed with aluminium tetrafluoride to 1.9 A.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.89 Å

PDB-6h8z:
T16A variant of beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis in an open conformer complexed with magnesium trifluoride to 1.6 A.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-6h90:
K145A variant of beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis inhibited by beryllium trifluoride to 1.3 A.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.31 Å

PDB-6h93:
Beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis with inorganic phosphate bound in an open conformer to 1.8 A.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.77 Å

PDB-6h94:
T16A variant of beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis with phosphate and TRIS bound in an open conformer to 1.5 A.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.49 Å

PDB-6hdf:
D170N variant of beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis in an open conformer to 1.4 A.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-6hdg:
D170N variant of beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis complexed with beta-G1P in a closed conformer to 1.2 A.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.15 Å

PDB-6hdh:
R49K variant of beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis in an open conformer to 1.6 A.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.62 Å

PDB-6hdi:
R49A variant of beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis in an open conformer to 2.0 A.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.03 Å

PDB-6hdj:
R49K variant of beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis complexed aluminium tetrafluoride and beta-G6P to 1.2 A.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.16 Å

PDB-6hdk:
R49A variant of beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis complexed with aluminium tetrafluoride and beta-G6P to 1.2 A.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.24 Å

PDB-6hdl:
R49K variant of beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis complexed with magnesium trifluoride and beta-G6P to 1.2 A.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.16 Å

PDB-6hdm:
R49A variant of beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis complexed with magnesium trifluoride and beta-G6P to 1.3 A.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-PDO:
1,3-PROPANDIOL / 1,3-プロパンジオ-ル

ChemComp-ALF:
TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト

ChemComp-MGF:
TRIFLUOROMAGNESATE / トリフルオロマグネサ-ト

ChemComp-ACT:
ACETATE ION / 酢酸イオン

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

ChemComp-TRS:
2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / pH緩衝剤*YM

ChemComp-XGP:
1-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / β-D-グルコピラノ-ス1-りん酸

ChemComp-BG6:
6-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / β-D-グルコピラノ-ス6-りん酸

由来
  • lactococcus lactis subsp. lactis (strain il1403) (乳酸菌)
  • lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
キーワードISOMERASE / phosphoglucomutase / aluminium tetrafluoride / metal fluoride / transition state analogue / magnesium trifluoride / beryllium trifluoride / phospho-enzyme analog / phosphate. / phosphate binding / transition state analog

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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