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Structure paper

タイトルStructure of the chromatin remodelling enzyme Chd1 bound to a ubiquitinylated nucleosome.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 7, Year 2018
掲載日2018年8月6日
著者Ramasubramanian Sundaramoorthy / Amanda L Hughes / Hassane El-Mkami / David G Norman / Helder Ferreira / Tom Owen-Hughes /
PubMed 要旨ATP-dependent chromatin remodelling proteins represent a diverse family of proteins that share ATPase domains that are adapted to regulate protein-DNA interactions. Here, we present structures of the ...ATP-dependent chromatin remodelling proteins represent a diverse family of proteins that share ATPase domains that are adapted to regulate protein-DNA interactions. Here, we present structures of the Chd1 protein engaged with nucleosomes in the presence of the transition state mimic ADP-beryllium fluoride. The path of DNA strands through the ATPase domains indicates the presence of contacts conserved with single strand translocases and additional contacts with both strands that are unique to Snf2 related proteins. The structure provides connectivity between rearrangement of ATPase lobes to a closed, nucleotide bound state and the sensing of linker DNA. Two turns of linker DNA are prised off the surface of the histone octamer as a result of Chd1 binding, and both the histone H3 tail and ubiquitin conjugated to lysine 120 are re-orientated towards the unravelled DNA. This indicates how changes to nucleosome structure can alter the way in which histone epitopes are presented.
リンクElife / PubMed:30079888 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.5 - 10.0 Å
構造データ

4318

6ftx

EMDB-4318, PDB-6ftx:
Structure of the chromatin remodelling enzyme Chd1 bound to a ubiquitinylated nucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

4336

6g0l

EMDB-4336, PDB-6g0l:
Structure of two molecules of the chromatin remodelling enzyme Chd1 bound to a nucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.0 Å

化合物

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • xenopus laevis (アフリカツメガエル)
  • synthetic construct (人工物)
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • homo sapiens (ヒト)
  • petromyzon marinus (ヤツメウナギ)
  • xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル)
  • saccharomyces cerevisiae s288c (パン酵母)
キーワードMOTOR PROTEIN / Chromatin remodellers

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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