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Structure paper

タイトルCryo-electron microscopy structure of the filamentous bacteriophage IKe.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 116, Issue 12, Page 5493-5498, Year 2019
掲載日2019年3月19日
著者Jingwei Xu / Nir Dayan / Amir Goldbourt / Ye Xiang /
PubMed 要旨The filamentous bacteriophage IKe infects cells bearing IncN pili. We report the cryo-electron microscopy structure of the micrometer-long IKe viral particle at a resolution of 3.4 Å. The major ...The filamentous bacteriophage IKe infects cells bearing IncN pili. We report the cryo-electron microscopy structure of the micrometer-long IKe viral particle at a resolution of 3.4 Å. The major coat protein [protein 8 (p8)] consists of 47 residues that fold into a ∼68-Å-long helix. An atomic model of the coat protein was built. Five p8 helices in a horizontal layer form a pentamer, and symmetrically neighboring p8 layers form a right-handed helical cylinder having a rise per pentamer of 16.77 Å and a twist of 38.52°. The inner surface of the capsid cylinder is positively charged and has direct interactions with the encapsulated circular single-stranded DNA genome, which has an electron density consistent with an unusual left-handed helix structure. Similar to capsid structures of other filamentous viruses, strong capsid packing in the IKe particle is maintained by hydrophobic residues. Despite having a different length and large sequence differences from other filamentous phages, π-π interactions were found between Tyr9 of one p8 and Trp29 of a neighboring p8 in IKe that are similar to interactions observed in phage M13, suggesting that, despite sequence divergence, overall structural features are maintained.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:30819888 / PubMed Central
手法EM (らせん対称)
解像度3.4 - 4.5 Å
構造データ

6993

6a7f

EMDB-6993: The cryo-EM structure of filamentous bacteriophage IKe applied with C5 and helical parameters.
PDB-6a7f: The cryo-EM structure of filamentous bacteriophage IKe major coat protein p8 shell assembly.
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-6994:
The asymmetric cryo-EM reconstruction of filamentous bacteriophage IKe
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.5 Å

由来
  • filamentous phage (ファージ)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / filamentous bacteriophage (繊維状ファージ) / major coat protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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