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タイトルUnique localization of the plastid-specific ribosomal proteins in the chloroplast ribosome small subunit provides mechanistic insights into the chloroplastic translation.
ジャーナル・号・ページNucleic Acids Res, Vol. 45, Issue 14, Page 8581-8595, Year 2017
掲載日2017年8月21日
著者Tofayel Ahmed / Jian Shi / Shashi Bhushan /
PubMed 要旨Chloroplastic translation is mediated by a bacterial-type 70S chloroplast ribosome. During the evolution, chloroplast ribosomes have acquired five plastid-specific ribosomal proteins or PSRPs (cS22, ...Chloroplastic translation is mediated by a bacterial-type 70S chloroplast ribosome. During the evolution, chloroplast ribosomes have acquired five plastid-specific ribosomal proteins or PSRPs (cS22, cS23, bTHXc, cL37 and cL38) which have been suggested to play important regulatory roles in translation. However, their exact locations on the chloroplast ribosome remain elusive due to lack of a high-resolution structure, hindering our progress to understand their possible roles. Here we present a cryo-EM structure of the 70S chloroplast ribosome from spinach resolved to 3.4 Å and focus our discussion mainly on the architecture of the 30S small subunit (SSU) which is resolved to 3.7 Å. cS22 localizes at the SSU foot where it seems to compensate for the deletions in 16S rRNA. The mRNA exit site is highly remodeled due to the presence of cS23 suggesting an alternative mode of translation initiation. bTHXc is positioned at the SSU head and appears to stabilize the intersubunit bridge B1b during thermal fluctuations. The translation factor plastid pY binds to the SSU on the intersubunit side and interacts with the conserved nucleotide bases involved in decoding. Most of the intersubunit bridges are conserved compared to the bacteria, except for a new bridge involving uL2c and bS6c.
リンクNucleic Acids Res / PubMed:28582576 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.3 - 3.7 Å
構造データ

EMDB-6709, PDB-5x8p:
Structure of the 70S chloroplast ribosome from spinach
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-6710, PDB-5x8r:
Structure of the 30S small subunit of chloroplast ribosome from spinach
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-6711, PDB-5x8t:
Structure of the 50S large subunit of chloroplast ribosome from spinach
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

由来
  • spinacia oleracea (ホウレンソウ)
キーワードRIBOSOME / Cryo-EM / chloroplast ribosome

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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