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タイトルStructure of a bimodular botulinum neurotoxin complex provides insights into its oral toxicity.
ジャーナル・号・ページPLoS Pathog, Vol. 9, Issue 10, Page e1003690, Year 2013
掲載日2013年10月10日
著者Kwangkook Lee / Shenyan Gu / Lei Jin / Thi Tuc Nghi Le / Luisa W Cheng / Jasmin Strotmeier / Anna Magdalena Kruel / Guorui Yao / Kay Perry / Andreas Rummel / Rongsheng Jin /
PubMed 要旨Botulinum neurotoxins (BoNTs) are produced by Clostridium botulinum and cause the fatal disease botulism, a flaccid paralysis of the muscle. BoNTs are released together with several auxiliary ...Botulinum neurotoxins (BoNTs) are produced by Clostridium botulinum and cause the fatal disease botulism, a flaccid paralysis of the muscle. BoNTs are released together with several auxiliary proteins as progenitor toxin complexes (PTCs) to become highly potent oral poisons. Here, we report the structure of a ∼760 kDa 14-subunit large PTC of serotype A (L-PTC/A) and reveal insight into its absorption mechanism. Using a combination of X-ray crystallography, electron microscopy, and functional studies, we found that L-PTC/A consists of two structurally and functionally independent sub-complexes. A hetero-dimeric 290 kDa complex protects BoNT, while a hetero-dodecameric 470 kDa complex facilitates its absorption in the harsh environment of the gastrointestinal tract. BoNT absorption is mediated by nine glycan-binding sites on the dodecameric sub-complex that forms multivalent interactions with carbohydrate receptors on intestinal epithelial cells. We identified monosaccharides that blocked oral BoNT intoxication in mice, which suggests a new strategy for the development of preventive countermeasures for BoNTs based on carbohydrate receptor mimicry.
リンクPLoS Pathog / PubMed:24130488 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.055 - 30.0 Å
構造データ

EMDB-2416:
Negative staining 3D-EM of the HA complex of Botulinum toxin type A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-2417:
Negative staining 3D-EM of the progenitor toxin complex (PTC) of Botulinum toxin type A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

PDB-4lo0:
Apo HA17-HA33
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.055 Å

PDB-4lo1:
HA17-HA33-Gal
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.254 Å

PDB-4lo2:
HA17-HA33-Lac
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.254 Å

PDB-4lo3:
HA17-HA33-LacNac
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.249 Å

PDB-4lo4:
Apo HA-70
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.871 Å

PDB-4lo5:
HA70-alpha2,3-SiaLC
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.7 Å

PDB-4lo6:
HA70-alpha2,6-SiaLC
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-4lo7:
HA70(D3)-HA17-HA33
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.73 Å

PDB-4lo8:
HA70(D3)-HA17
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-GAL:
beta-D-galactopyranose / β-D-ガラクトピラノ-ス

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

由来
  • clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
キーワードPROTEIN TRANSPORT / progenitor toxin complex / botulinum neurotoxin / botulism / neurotoxin associated protein / hemagglutinin / carbohydrate/sugar binding / secreted protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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