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タイトルComprehensive structural model of the mechanochemical cycle of a mitotic motor highlights molecular adaptations in the kinesin family.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 111, Issue 5, Page 1837-1842, Year 2014
掲載日2014年2月4日
著者Adeline Goulet / Jennifer Major / Yonggun Jun / Steven P Gross / Steven S Rosenfeld / Carolyn A Moores /
PubMed 要旨Kinesins are responsible for a wide variety of microtubule-based, ATP-dependent functions. Their motor domain drives these activities, but the molecular adaptations that specify these diverse and ...Kinesins are responsible for a wide variety of microtubule-based, ATP-dependent functions. Their motor domain drives these activities, but the molecular adaptations that specify these diverse and essential cellular activities are poorly understood. It has been assumed that the first identified kinesin--the transport motor kinesin-1--is the mechanistic paradigm for the entire superfamily, but accumulating evidence suggests otherwise. To address the deficits in our understanding of the molecular basis of functional divergence within the kinesin superfamily, we studied kinesin-5s, which are essential mitotic motors whose inhibition blocks cell division. Using cryo-electron microscopy and determination of structure at subnanometer resolution, we have visualized conformations of microtubule-bound human kinesin-5 motor domain at successive steps in its ATPase cycle. After ATP hydrolysis, nucleotide-dependent conformational changes in the active site are allosterically propagated into rotations of the motor domain and uncurling of the drug-binding loop L5. In addition, the mechanical neck-linker element that is crucial for motor stepping undergoes discrete, ordered displacements. We also observed large reorientations of the motor N terminus that indicate its importance for kinesin-5 function through control of neck-linker conformation. A kinesin-5 mutant lacking this N terminus is enzymatically active, and ATP-dependent neck-linker movement and motility are defective, although not ablated. All these aspects of kinesin-5 mechanochemistry are distinct from kinesin-1. Our findings directly demonstrate the regulatory role of the kinesin-5 N terminus in collaboration with the motor's structured neck-linker and highlight the multiple adaptations within kinesin motor domains that tune their mechanochemistries according to distinct functional requirements.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:24449904 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度9.2 - 25.0 Å
構造データ

EMDB-2533: Electron cryo-microscopy of microtubule-bound human kinesin-5 motor domain in the ADP.AlFx state.
PDB-4ck6: Pseudo-atomic model of microtubule-bound human kinesin-5 motor domain in the ADP.AlFx state, based on cryo-electron microscopy experiment.
PDB-4ck7: Pseudo-atomic model of microtubule-bound human kinesin-5 motor domain in presence of adp.alfx (NECK-LINKER IN ITS DISCONNECTED CONFORMATION, based on cryo-electron microscopy experiment
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.2 Å

EMDB-2534:
Cryo-electron microscopy of microtubule-bound human kinesin-5 motor domain in the ADP.AlFx state (gold cluster in the loop5 T126C).
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-2535:
cryo-electron microscopy of microtubule-bound human kinesin-5 motor domain in the ADP.AlFx state (gold cluster in the neck linker V365C).
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.0 Å

EMDB-2536:
cryo-electron microscopy of microtubule-bound human kinesin-5 motor domain in the ADP.AlFx state (gold cluster in the N-terminus A9C).
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.0 Å

EMDB-2537: cryo-electron microscopy of microtubule-bound human kinesin-5 motor domain in the ADP state
PDB-4ck5: Pseudo-atomic model of microtubule-bound human kinesin-5 motor domain in the ADP state, based on cryo-electron microscopy experiment.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.0 Å

EMDB-2538:
cryo-electron microscopy of microtubule-bound human kinesin-5 motor domain in the ADP state with a gold cluster attached to the loop5 (T126C)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.0 Å

EMDB-2539:
cryo-electron microscopy of microtubule-bound human kinesin-5 motor domain in the ADP state (gold cluster in the neck linker V365C).
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-2540:
cryo-electron microscopy of microtubule-bound human kinesin-5 motor domain in the ADP state (gold cluster in the N-terminus A9C).
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.0 Å

EMDB-2541:
cryo-electron microscopy of microtubule-bound human kinesin-5 motor domain in the AMPPNP state (gold cluster in the N-terminus A9C).
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-2542:
cryo-electron microscopy of microtubule-bound human kinesin-5 motor domain in rigor (gold cluster in the N-terminus A9C).
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.0 Å

化合物

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-TA1:
TAXOL / パクリタキセル / 薬剤, 化学療法薬*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-AF3:
ALUMINUM FLUORIDE / トリフルオロアルミニウム

由来
  • bos taurus (ウシ)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMOTOR PROTEIN / KINESINS / MICROTUBULES / MITOSIS / MECHANOCHEMISTRY

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万見文献について

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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