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Structure paper

タイトルIdentification of unknown protein function using metabolite cocktail screening.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 20, Page 1715-1725, Year 2012
掲載日2011年4月22日 (構造データの登録日)
著者Shumilin, I.A. / Cymborowski, M. / Chertihin, O. / Jha, K.N. / Herr, J.C. / Lesley, S.A. / Joachimiak, A. / Minor, W.
リンクStructure / PubMed:22940582
手法X線回折
解像度1.51 - 2.8 Å
構造データ

PDB-3rno:
Crystal Structure of Mouse Apolipoprotein A-I Binding Protein in Complex with NADP.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-3ro7:
Crystal Structure of Mouse Apolipoprotein A-I Binding Protein in Complex with Thymine.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-3roe:
Crystal Structure of Mouse Apolipoprotein A-I Binding Protein in Complex with Thymidine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.11 Å

PDB-3rog:
Crystal Structure of Mouse Apolipoprotein A-I Binding Protein in Complex with Thymidine 3'-monophosphate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.05 Å

PDB-3rox:
Crystal Structure of Mouse Apolipoprotein A-I Binding Protein in Complex with Theophylline
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

PDB-3roz:
Crystal Structure of Mouse Apolipoprotein A-I Binding Protein in Complex with Nicotinamide
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

PDB-3rph:
Crystal Structure of ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase from Bacillus subtilis co-crystallized with ATP/Mg2+.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-3rpz:
Crystal Structure of ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase from Bacillus subtilis co-crystallized with ATP/Mg2+ and soaked with NADPH
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.51 Å

PDB-3rq2:
Crystal Structure of ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase from Bacillus subtilis co-crystallized with ATP/Mg2+ and soaked with NADH
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-3rq5:
Crystal Structure of ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase from Bacillus subtilis co-crystallized with ATP/Mg2+ and soaked with CoA
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-3rq6:
Crystal Structure of ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase from Bacillus subtilis soaked with ADP-ribose
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.65 Å

PDB-3rq8:
Crystal Structure of ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase from Bacillus subtilis soaked with P1,P5-Di(adenosine-5') pentaphosphate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-3rqh:
Crystal Structure of ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase from Bacillus subtilis in complex with P1,P6-Di(adenosine-5') hexaphosphate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-3rqq:
Crystal Structure of ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase from Bacillus subtilis in complex with P1,P3-Di(adenosine-5') triphosphate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-3rqx:
Crystal Structure of ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase from Bacillus subtilis in complex with P1,P4-Di(adenosine-5') tetraphosphate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-3rrb:
Crystal structure of tm0922, a fusion of a domain of unknown function and ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase from Thermotoga maritima in complex with AMP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

PDB-3rre:
Crystal Structure of tm0922, a fusion of a domain of unknown function and ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase from Thermotoga maritima in complex with ADP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.15 Å

PDB-3rrf:
Crystal structure of tm0922, a fusion of a domain of unknown function and ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase from Thermotoga maritima in complex with ATP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-3rrj:
Crystal structure of tm0922, a fusion of a domain of unknown function and ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase from Thermotoga maritima in complex with P1,P5-Di(adenosine-5') pentaphosphate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-3rs8:
Crystal structure of tm0922, a fusion of a domain of unknown function and ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase from Thermotoga maritima in complex with ADP-ribose
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-3rs9:
Crystal structure of tm0922, a fusion of a domain of unknown function and ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase from Thermotoga maritima in complex with P1,P3-Di(adenosine-5') triphosphate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.103 Å

PDB-3rsf:
Crystal structure of tm0922, a fusion of a domain of unknown function and ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase from Thermotoga maritima in complex with P1,P4-Di(adenosine-5') tetraphosphate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-3rsg:
Crystal structure of tm0922, a fusion of a domain of unknown function and ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase from Thermotoga maritima soaked with NAD.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-3rsq:
Crystal structure of tm0922, a fusion of a domain of unknown function and ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase from Thermotoga maritima soaked with NADH
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.054 Å

PDB-3rss:
Crystal structure of tm0922, a fusion of a domain of unknown function and ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase from Thermotoga maritima soaked with NADP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.953 Å

PDB-3rt7:
Crystal structure of tm0922, a fusion of a domain of unknown function and ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase from Thermotoga maritima in complex with ADP-glucose
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-3rt9:
Crystal structure of tm0922, a fusion of a domain of unknown function and ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase from Thermotoga maritima soaked with Coenzyme A
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.952 Å

PDB-3rta:
Crystal structure of tm0922, a fusion of a domain of unknown function and ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase from Thermotoga maritima soaked with Acetyl Coenzyme A
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-3rtb:
Crystal structure of tm0922, a fusion of a domain of unknown function and ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase from Thermotoga maritima soaked with Adenosine-3'-5'-Diphosphate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-3rtc:
Crystal structure of tm0922, a fusion of a domain of unknown function and ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase from Thermotoga maritima soaked with NAD and ATP.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.101 Å

PDB-3rtd:
Crystal structure of tm0922, a fusion of a domain of unknown function and ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase from Thermotoga maritima soaked with NADH and ADP.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-3rte:
Crystal structure of tm0922, a fusion of a domain of unknown function and ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase from Thermotoga maritima soaked with NADP and ATP.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-3rtg:
Crystal structure of tm0922, a fusion of a domain of unknown function and ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase from Thermotoga maritima soaked with Coenzyme A and ATP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.052 Å

PDB-3ru2:
Crystal structure of tm0922, a fusion of a domain of unknown function and ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase from Thermotoga maritima soaked with NADPH.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-3ru3:
Crystal structure of tm0922, a fusion of a domain of unknown function and ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase from Thermotoga maritima soaked with NADPH and ATP.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.605 Å

化合物

ChemComp-NAP:
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-TDR:
THYMINE / チミン

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-THM:
THYMIDINE / チミジン

ChemComp-T3P:
THYMIDINE-3'-PHOSPHATE / チミジン3′-りん酸

ChemComp-TEP:
THEOPHYLLINE / テオフィリン

ChemComp-NCA:
NICOTINAMIDE / ニコチンアミド / 薬剤*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-AMP:
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / AMP*YM

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

ChemComp-NPW:
BETA-6-HYDROXY-1,4,5,6-TETRAHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / (6S)-6β-ヒドロキシ-1,4,5,6-テトラヒドロニコチンアミド-アデニンジヌクレオチド2′-りん酸

ChemComp-NAX:
BETA-6-HYDROXY-1,4,5,6-TETRHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / (6S)-6β-ヒドロキシ-1,4,5,6-テトラヒドロニコチンアミドアデニンジヌクレオチド

ChemComp-COA:
COENZYME A / CoA

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-APR:
ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE

ChemComp-AP5:
BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE / Ap5A

ChemComp-B6P:
P1,P6-Di(adenosine-5') hexaphosphate / Ap6A

ChemComp-BA3:
BIS(ADENOSINE)-5'-TRIPHOSPHATE / ジアデノシン三りん酸

ChemComp-B4P:
BIS(ADENOSINE)-5'-TETRAPHOSPHATE / ジアデノシン四りん酸

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-NAD:
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD*YM

ChemComp-NAI:
1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH

ChemComp-ADQ:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / ADPグルコ-ス

ChemComp-ACO:
ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)

ChemComp-A3P:
ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′,5′-ビスりん酸

ChemComp-NDP:
NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • bacillus subtilis (枯草菌)
  • thermotoga maritima (バクテリア)
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードPROTEIN BINDING / ROSSMANN FOLD / lyase/lyase substrate / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-biology / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG / LYASE / lyase-lyase substrate complex / Unknown function / ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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