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Structure paper

タイトルPrediction of function for the polyprenyl transferase subgroup in the isoprenoid synthase superfamily.
ジャーナル・号・ページProc. Natl. Acad. Sci. USA, Vol. 110, Page E1196-E1202, Year 2013
掲載日2010年2月4日 (構造データの登録日)
著者Wallrapp, F.H. / Pan, J.J. / Ramamoorthy, G. / Almonacid, D.E. / Hillerich, B.S. / Seidel, R. / Patskovsky, Y. / Babbitt, P.C. / Almo, S.C. / Jacobson, M.P. / Poulter, C.D.
リンクProc. Natl. Acad. Sci. USA / PubMed:23493556
手法X線回折
解像度1.65 - 2.5 Å
構造データ

PDB-3lom:
CRYSTAL STRUCTURE OF GERANYLTRANSFERASE FROM Legionella pneumophila
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-3lvs:
Crystal structure of farnesyl diphosphate synthase from rhodobacter capsulatus sb1003
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.15 Å

PDB-3mzv:
Crystal structure of a decaprenyl diphosphate synthase from Rhodobacter capsulatus
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-3nf2:
Crystal structure of polyprenyl synthetase from Streptomyces coelicolor A3(2)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-3oyr:
Crystal structure of polyprenyl synthase from Caulobacter crescentus CB15 complexed with calcium and isoprenyl diphosphate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2 Å

PDB-3p41:
Crystal structure of polyprenyl synthetase from pseudomonas fluorescens pf-5 complexed with magnesium and isoprenyl pyrophosphate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.76 Å

PDB-3p8l:
Crystal structure of polyprenyl synthase from Enterococcus faecalis V583
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2 Å

PDB-3p8r:
CRYSTAL STRUCTURE OF POLYPRENYL SYNTHASE FROM Vibrio cholerae
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-3pde:
Crystal structure of geranylgeranyl pyrophosphate synthase from Lactobacillus brevis atcc 367 complexed with isoprenyl diphosphate and magnesium
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-3pko:
Crystal structure of geranylgeranyl pyrophosphate synthase from lactobacillus brevis atcc 367 complexed with citrate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.98 Å

PDB-3q1o:
Crystal structure of geranyltransferase from helicobacter pylori complexed with magnesium and isoprenyl diphosphate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

PDB-3q2q:
Crystal structure of geranylgeranyl pyrophosphate synthase from Corynebacterium glutamicum complexed with calcium and isoprenyl diphosphate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-3qqv:
Crystal structure of geranylgeranyl pyrophosphate synthase from corynebacterium glutamicum complexed with isoprenyl diphosphate and magnesium
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2 Å

PDB-3rmg:
Crystal structure of geranylgeranyl pyrophosphate synthase from bacteroides thetaiotaomicron
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-3ts7:
CRYSTAL STRUCTURE OF FARNESYL DIPHOSPHATE SYNTHASE (TARGET EFI-501951) FROM Methylococcus capsulatus
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.94 Å

PDB-3uca:
Crystal structure of isoprenoid synthase (target EFI-501974) from clostridium perfringens
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2 Å

PDB-4dhd:
Crystal structure of isoprenoid synthase A3MSH1 (TARGET EFI-501992) from Pyrobaculum calidifontis
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.65 Å

PDB-4f62:
Crystal structure of a putative farnesyl-diphosphate synthase from Marinomonas sp. MED121 (Target EFI-501980)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.101 Å

PDB-4fp4:
Crystal structure of isoprenoid synthase a3mx09 (target efi-501993) from pyrobaculum calidifontis
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2 Å

化合物

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-POP:
PYROPHOSPHATE 2-

ChemComp-DMA:
DIMETHYLALLYL DIPHOSPHATE / ジメチルアリル二りん酸

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-CIT:
CITRIC ACID / クエン酸


化合物 画像なし

ChemComp-UNL:
Unknown ligand

ChemComp-ACT:
ACETATE ION / 酢酸イオン

ChemComp-GER:
GERAN-8-YL GERAN / (6E,10E)-3,7,11,15-テトラメチル-2,6,10,14-ヘキサデカテトラエン

ChemComp-UNX:
Unknown entry

由来
  • legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
  • rhodobacter capsulatus (バクテリア)
  • streptomyces coelicolor (バクテリア)
  • caulobacter crescentus (バクテリア)
  • pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
  • enterococcus faecalis (乳酸球菌)
  • vibrio cholerae (コレラ菌)
  • lactobacillus brevis (バクテリア)
  • helicobacter pylori (ピロリ菌)
  • corynebacterium glutamicum (バクテリア)
  • bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
  • methylococcus capsulatus (バクテリア)
  • clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
  • pyrobaculum calidifontis (古細菌)
  • marinomonas sp. med121 (バクテリア)
キーワードTRANSFERASE / GERANYLTRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NYSGRC / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / Isoprene biosynthesis / New York SGX Research Center for Structural Genomics / ISOPRENYL DIPHOSPHATE SYNTHASE / PSI-2 / ISOPRENYL SYNTHASE / TERPENOID BIOSYNTHESIS / GERANYLGERANYL PYROPHOSPHATE SYNTHASE / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / ISOPRENOID SYNTHESIS / FARNESYL DIPHOSPHATE SYNTHASE / ISOPRENOID DIPHOSPHATE SYNTHASE

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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