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Structure paper

タイトルAnchored plasticity opens doors for selective inhibitor design in nitric oxide synthase.
ジャーナル・号・ページNat. Chem. Biol., Vol. 4, Page 700-707, Year 2008
掲載日2008年8月14日 (構造データの登録日)
著者Garcin, E.D. / Arvai, A.S. / Rosenfeld, R.J. / Kroeger, M.D. / Crane, B.R. / Andersson, G. / Andrews, G. / Hamley, P.J. / Mallinder, P.R. / Nicholls, D.J. ...Garcin, E.D. / Arvai, A.S. / Rosenfeld, R.J. / Kroeger, M.D. / Crane, B.R. / Andersson, G. / Andrews, G. / Hamley, P.J. / Mallinder, P.R. / Nicholls, D.J. / St-Gallay, S.A. / Tinker, A.C. / Gensmantel, N.P. / Mete, A. / Cheshire, D.R. / Connolly, S. / Stuehr, D.J. / Aberg, A. / Wallace, A.V. / Tainer, J.A. / Getzoff, E.D.
リンクNat. Chem. Biol. / PubMed:18849972
手法X線回折
解像度2 - 2.9 Å
構造データ

PDB-3e65:
Murine INOS dimer with HEME, pterin and inhibitor AR-C120011
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.05 Å

PDB-3e67:
Murine inos dimer with inhibitor 4-MAP bound
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.6 Å

PDB-3e68:
Structure of murine INOS oxygenase domain with inhibitor AR-C130232
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-3e6l:
Structure of murine INOS oxygenase domain with inhibitor AR-C132283
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-3e6n:
Structure of murine INOS oxygenase domain with inhibitor AR-C125813
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

PDB-3e6o:
Structure of murine INOS oxygenase domain with inhibitor AR-C124355
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.6 Å

PDB-3e6t:
Structure of murine INOS oxygenase domain with inhibitor AR-C118901
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-3e7g:
Structure of human INOSOX with inhibitor AR-C95791
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-3e7i:
Structure of murine inos oxygenase domain with inhibitor AR-C94864
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.9 Å

PDB-3e7m:
Structure of murine iNOS oxygenase domain with inhibitor AR-C95791
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å

PDB-3e7s:
Structure of bovine eNOS oxygenase domain with inhibitor AR-C95791
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-3e7t:
Structure of murine iNOS oxygenase domain with inhibitor AR-C102222
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.6 Å

PDB-3eah:
Structure of inhibited human eNOS oxygenase domain
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.44 Å

PDB-3eai:
Structure of inhibited murine iNOS oxygenase domain
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-3ebd:
Structure of inhibited murine iNOS oxygenase domain
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

PDB-3ebf:
Structure of inhibited murine iNOS oxygenase domain
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.29 Å

PDB-3ej8:
Structure of double mutant of human iNOS oxygenase domain with bound immidazole
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.55 Å

化合物

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Heme B

ChemComp-H4B:
5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN / 6R-テトラヒドロビオプテリン / 神経伝達物質*YM / テトラヒドロビオプテリン

ChemComp-XXZ:
1-[4-(AMINOMETHYL)BENZOYL]-5'-FLUORO-1'H-SPIRO[PIPERIDINE-4,2'-QUINAZOLIN]-4'-AMINE

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-BVF:
4-METHYLPYRIDIN-2-AMINE / 2-アミノ-4-メチルピリジン

ChemComp-BOG:
octyl beta-D-glucopyranoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド / 可溶化剤*YM / Octyl glucoside

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩

ChemComp-AT6:
N-[2-(6-AMINO-4-METHYLPYRIDIN-2-YL)ETHYL]-4-CYANOBENZAMIDE

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール

ChemComp-A11:
ETHYL 4-[(4-CHLOROPYRIDIN-2-YL)AMINO]PIPERIDINE-1-CARBOXYLATE

ChemComp-AS3:
4-METHYL-6-PROPYLPYRIDIN-2-AMINE / 2-アミノ-4-メチル-6-プロピルピリジン

ChemComp-A55:
N-[2-(4-AMINO-5,8-DIFLUORO-1,2-DIHYDROQUINAZOLIN-2-YL)ETHYL]-3-FURAMIDE

ChemComp-1A2:
5-(4'-AMINO-1'-ETHYL-5',8'-DIFLUORO-1'H-SPIRO[PIPERIDINE-4,2'-QUINAZOLINE]-1-YLCARBONYL)PICOLINONITRILE

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-AT2:
ETHYL 4-[(4-METHYLPYRIDIN-2-YL)AMINO]PIPERIDINE-1-CARBOXYLATE

ChemComp-B2:
(2R)-5-FLUORO-2-(2-THIENYL)-1,2-DIHYDROQUINAZOLIN-4-AMINE

ChemComp-HEC:
HEME C / Heme C

ChemComp-HBI:
7,8-DIHYDROBIOPTERIN / 7,8-ジヒドロビオプテリン / ジヒドロビオプテリン

ChemComp-B14:
1-(6-CYANO-3-PYRIDYLCARBONYL)-5',8'-DIFLUOROSPIRO[PIPERIDINE-4,2'(1'H)-QUINAZOLINE]-4'-AMINE

ChemComp-327:
(3S,5E)-3-propyl-3,4-dihydrothieno[2,3-f][1,4]oxazepin-5(2H)-imine

ChemComp-MPD:
(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 沈殿剤*YM / 2-Methyl-2,4-pentanediol

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド / 塩化物

ChemComp-328:
4-({4-[(4-methoxypyridin-2-yl)amino]piperidin-1-yl}carbonyl)benzonitrile

ChemComp-329:
(2S)-2-methyl-2,3-dihydrothieno[2,3-f][1,4]oxazepin-5-amine

ChemComp-332:
(3R)-3-[(1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-7-yloxy)methyl]-2,3-dihydrothieno[2,3-f][1,4]oxazepin-5-amine

ChemComp-IMD:
IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン / イミダゾール

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • homo sapiens (ヒト)
  • bos taurus (ウシ)
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / dimer / inducible nitric oxide synthase (一酸化窒素合成酵素) / Calmodulin-binding / FAD / FMN / Heme (ヘム) / Iron (鉄) / Metal-binding / NADP (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) / Polymorphism / Zinc (亜鉛) / nitric oxide sythase / oxygenase domain (酸素添加酵素) / isozyme-specific inhibitors / nitric oxide (一酸化窒素) / NOS / tetrahydrobiopterin (テトラヒドロビオプテリン) / Alternative splicing (選択的スプライシング) / Calcium (カルシウム) / Phosphoprotein / NITRIC OXIDE SYNTHASE (一酸化窒素合成酵素) / OXIDOREDUCTASE Calmodulin-binding

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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